Las técnicas de biología molecular han permitido una identificación de diferentes grupos de organismos a nivel de especie y de cepas. El desarrollo y adaptación de dichas técnicas ha permitido al grupo investigador analizar la evolución de las diferentes poblaciones de levaduras, bacterias lácticas y acética a lo largo de la fermentación vínica en mostos de garnacha inoculados con LSA o con fermentación espontánea. Tras la fermentación alcohólica las levaduras Saccharomyces cerevisiae disminuyen constantemente su población aunque se mantienen presentes durante toda la fermentación maloláctica. El efecto de la inoculación de levaduras conlleva una disminución de la población bacteriana, auque facilita el desarrollo de la población de bacterias lácticas. Durante la FML todas las bacterias se identificaron como Oenococcus oeni (antes Leucomostoc oenos). El desarrollo de bacterias acéticas es mayor en fermentaciones espontáneas. Acetobacter aceti es la especie acética más abundante en mostos, mientras que Gluconobacter oxydans predomina al final de la fermentación alcohólica.
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