Resumen de Evaluation of three PCR primers based on the 16S rRNA gene for the identification of lactic acid bacteria from dairy origin

Irma Caro Canales, Germán Bécares, Lucía Fuentes Jiménez, María Rosario García Armesto, Francisco J. Rúa Aller, José María Castro González, Emiliano José Quinto Fernández, Javier Mateo Oyagüe

• español

  La secuenciación parcial del gen ARN ribosómico (rARN) es comúnmente utilizada en la identificación de bacterias ácido lácticas (BAL). En este estudio se evaluó la capacidad para identificar BAL de origen lácteo de dos cebadores universales 515FPL-13B y 91E-13 y uno específico S-D-Bact-0011-a-S-17-S-G-Lab-0677-a-A-17. Las porciones amplificadas del gen 16S rARN fueron secuenciadas y las secuencias analizadas con los programas RDP-II y BLAST. Se estudiaron 3 cepas de referencia y 8 aislamientos bacterianos de queso Oaxaca. El cebador 515FLP-13B erró en la identificación de una cepa de referencia y dos aislamientos. Cinco aislamientos fueron identificados por al menos dos de los cebadores como Lactococcus lactis, obteniéndose con el cebador específico mayores valores de identidad en su identificación cuando se usó el programa RDP-II. Los cebadores específicos se probaron además con otros 24 aislamientos de queso obteniendo resultados satisfactorios. El uso conjunto de los programas RDP-II y BLAST permitió confirmar la identificación.

• English

  Partial sequencing of 16S ribosomal RNA (rRNA) gene is commonly used for the identification of lactic acid bacteria (LAB). The present study evaluated the performance in the identification of dairy LAB of two universal (515FPL-13B and 91E-13) and one Lactobacillus group-specific (S-D-Bact-0011-a-S-17-S-G-Lab-0677-a-A-17) primer pairs. After amplification, the 16S rRNA gene portions were sequenced, and sequences were analysed using the Ribosomal Database Project (RDP-II) and Basic Length Alignment Search Tool (BLAST) programs. The primers were used with three reference strains and eight isolates from Oaxaca cheese. The 515FLP-13B primer misled the identification of one reference strain and two isolates. Five among the eight isolates were identified as Lactococcus lactis by at least two of the primers, and the specific primer showed higher RDP-II identity scores than the universal primers. The specific primer was successfully used for the identification of other 24 cheese isolates. The joint use of the two programs (RDP-II and BLAST) allowed to confirm the identification results.