Enfermedad inflamatoria crónica intestinal canina: Estudio clínico y caracterización de la microbiota a partir de muestras de heces y biopsias duodenales
- Autores: David Rafael Díaz-Regañón Fernández
- Directores de la Tesis: Fernando Rodríguez Franco (dir. tes.), Mercedes García-Sancho Téllez (dir. tes.), Alejandra Villaescusa Fernández (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad Complutense de Madrid ( España ) en 2023
- Idioma: español
- Número de páginas: 346
- Títulos paralelos:
- Canine inflammatory bowel disease: Clinical study and characterization of the microbiota from fecal samples and duodenal biopsies
- Tribunal Calificador de la Tesis: Juan Miguel Rodríguez Gómez (presid.), Paula García San José (secret.), M. Montserrat Díaz Espiñeira (voc.), Josep Pastor Milán (voc.), María Luisa Suárez Rey (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Veterinaria por la Universidad Complutense de Madrid
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: Docta Complutense
- Resumen
- español
La enfermedad inflamatoria crónica intestinal (EICI) se caracteriza por la persistencia y recurrencia de signos clínicos gastrointestinales, constituyendo una de las causas más frecuentes de vómito y diarrea crónica en la especie canina. La patogenia implica la pérdida de tolerancia a los componentes de la dieta y la microbiota, causando una respuesta inmunitaria exacerbada. Así, la microbiota intestinal tiene un papel determinante en la EICI. Los estudios basados en técnicas de secuenciación se han centrado en el componente bacteriano de la microbiota fecal canina. Sin embargo, este tipo de muestras no proporciona información sobre la potencial presencia de bacterias entero-invasivas o adheridas a la mucosa, ni sobre la composición de la microbiota del intestino delgado. Por lo tanto, la microbiota asociada a la mucosa intestinal debería mostrar alteraciones más marcadas que la microbiota fecal. Este hecho condujo al planteamiento de este trabajo, cuyo objetivo principal es la caracterización de la microbiota intestinal en la EICI canina.
Para ello, se recogieron muestras fecales y biopsias duodenales en el momento del diagnóstico en un grupo de 34 animales con EICI y de 12 perros sanos con el objetivo de detectar las posibles alteraciones en la abundancia relativa y la diversidad en las comunidades bacterianas en la EICI. También se llevó a cabo una caracterización clínica, endoscópica e histopatológica, empleando los índices propuestos por los grupos de expertos en gastroenterología. Para la caracterización de la microbiota intestinal de los perros se llevó a cabo la amplificación y secuenciación de la región V3-V4 del gen 16S ARNr bacteriano mediante la plataforma de secuenciación Illumina MiSeq a partir del ADN extraído de las muestras fecales y de las biopsias duodenales. Además, se realizaron qPCRs para la valoración de la disbiosis en las muestras fecales.
La caracterización taxonómica de la microbiota en las biopsias duodenales de los perros con EICI mostró una reducción de la abundancia relativa de la clase Rubrobacteria, orden Rubrobacterales, familia Rubrobacteriaceae y género Rubrobacter; el filo Cyanobacteria, clase Vampirivibrionia, orden Obscuribacterales y familia Obscuribacteraceae, así como de la familia Neisseriaceae y el género Conchiformibius. Sin embargo, no se observaron diferencias en la diversidad entre los grupos.
En las muestras fecales se detectó una reducción de la abundancia relativa de la familia Prevotellaceae y los géneros Prevotella y Prevotellaceae grupo Ga6A1. Con relación al filo Firmicutes, se observó una disminución del orden Erysipelotrichales, con una disminución de la familia Erysipelotrichaceae y los géneros Allobaculum y Candidatus Stoquefichus. Además, se observó una disminución de la abundancia relativa de los géneros Lachnospiraceae grupo NK4A136, Sellimonas, Oscillospirales, Oscillospiraceae UCG-005, Faecalibacterium y Fournierella, así como del orden Acidaminococcales, familia Acidaminococcaceae y el género Phascolarctobacterium. Finalmente, se observó una disminución dentro del filo Proteobacteria del orden Aeromonadales, la familia Succinivibrionaceae y el género Succinivibrio. Por el contrario, en estos perros se detectó un incremento de la familias Enterococcaceae (Enterococcus) y Streptococcaceae (Streptococcus), y del orden Enterobacterales, la familia Enterobacteriaceae y el género Escherichia-Shigella. El estudio de la diversidad en las muestras fecales confirmó una menor diversidad alfa en los perros con EICI, así como una diferenciación al evaluar la diversidad beta.
A pesar de que la EICI canina afecta principalmente al intestino delgado, las heces parecen constituir una mejor muestra para la búsqueda de estos biomarcadores bacterianos en esta enfermedad, debido no solo a la mayor facilidad de obtención y disponibilidad en el entorno clínico, sino también por presentar diferencias más marcadas a nivel taxonómico y de diversidad que las biopsias duodenales.
- English
Inflammatory bowel disease (IBD) is an immune-mediated disease characterized by the persistence and recurrence of gastrointestinal clinical signs, which constitutes the main cause of chronic vomiting and diarrhea in the canine species. The pathogenesis of IBD is multifactorial and involves loss of tolerance to diet and microbial components, causing an exacerbated immune response. The diagnosis is reached after carrying out an exclusion protocol of all the potential causes that may trigger intestinal inflammation and with histological evidence of an inflammatory infiltrate of the small, large intestine or both.Due to the close interaction between the intestinal epithelium, the immune system, and the microbiota, changes in the intestinal ecosystem that affect any of these pillars leads to changes in the rest. In this sense, the intestinal microbiota constitutes a complex population of microorganisms that plays a key role in the health status of the canine host. It has been suggested that the evaluation of gut microbiota may be used as a potential biomarker in canine IBD. Most studies based on sequencing techniques carried out to date in the canine species have focused on the bacterial component of the fecal microbiota. However, this type of sample does not provide complete information on the potential presence of entero-invasive or mucosa-adherent bacteria, nor on the composition of the microbiota of the small intestine. Moreover, as IBD mainly affects the small intestine, the microbiota associated with the intestinal mucosa should present more marked alterations than the microbiota of fecal samples. In this sense, some recent works in human medicine have shown a stronger correlation between the clinical indexes of the disease and the alterations in the intestinal mucosa-associated microbiota than those observed in feces. This fact led to the approach of this research, whose main objective is the characterization of the intestinal microbiota in canine IBD, both in the duodenal mucosa and in feces...
- español
