Análisis filogenético de los genes VP7 y NSP4 de cepas de rotavirus de niños con gastroenteritis en Valencia y Castellón
- Autores: C. J. Téllez Castillo
- Directores de la Tesis: Francisco Javier Tomas Buesa Gómez (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat de València ( España ) en 2012
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Fernando González Candelas (presid.), Jesús Rodríguez Díaz (secret.), Juan Manuel Ribes Fernández (voc.), Gloria Sánchez (voc.), Rosa María Pintó Solé (voc.)
- Materias:
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- Tesis en acceso abierto en: RODERIC
- Resumen
Las infecciones por rotavirus afectan principalmente en la edad pediátrica y constituyen la primera causa de gastroenteritis en niños. La importancia de estos estudios radica en el conocimiento de las variaciones de los tipos antigénicos circulantes y la aparición o emergencia de nuevos genotipos, lo cual puede influir en las estrategias de vacunación. El G9 de rotavirus genotipo fue reportado por primera vez en 1983 en los Estados Unidos, llegando a ser uno de los genotipos más frecuentes en todo el mundo. La proteína NSP4 tiene un interés especial, ya que tiene un papel importante en el proceso de maduración de los viriones, actuando como receptor intracelular para VP6. Por otra parte, esta proteína actúa como una enterotoxina, siendo capaz por sí sola de producir diarrea en el ratón. En el presente estudio se analizó la epidemiología molecular de la infección por rotavirus en el periodo 2005-2009 en tres ciudades de la Comunidad Valenciana (Valencia, Sagunto y Castellón), así como un análisis filogenético de la variación de secuencias de dos proteínas virales, VP7 y NSP4. Los pacientes con gastroenteritis aguda por rotavirus diagnosticados en los Servicios de Microbiología del Hospital General de Castellón (HGC), Hospital de Sagunto y Hospital Clínico Universitario de Valencia (HCUV) desde octubre de 2005 hasta septiembre de 2009. Se realizó los análisis moleculares de las muestras, mediante la extracción del ARN vírico por el método de fenol-cloroformo y purificación con celulosa CF11; fueron identificados los genes de VP7, VP6 y NSP4 por RT-PCR. Posteriormente fueron secuenciados los genes de VP7 y NSP4, realizándose la alineación de las secuencias con CLUSTAL X, y construcción de los árboles filogenéticos con 1.000 (bootstrap) usando el método neighbor joining. El polimorfismo de las secuencia de ADN y el nivel de divergencia de nucleótidos se analizaron con el software DnaSP. La infección por rotavirus se observó en niños menores de 4 años, con mayor afectación de los menores de 1 año, e igual distribución entre ambos sexos. Predominó el genotipo G9 durante los periodos 2005-06 y 2006-07, con un descenso brusco en 2007-08, no habiéndose detectado ninguna cepa G9 en 2008-09. Todas las cepas de rotavirus G9 analizadas desde 2005 hasta 2009 presentan el genotipo P[8], a diferencia de las cepas estudiadas en otras áreas geográficas. Las cepas de rotavirus G9 circulantes en Valencia y Castellón pertenecen al linaje III y al sublinaje IIId, observándose una alta similitud entre ellas. Se han encontrado diferencias en los aminoácidos en cuatro de las cinco regiones antigénicas de la proteína VP7 de las cepas de rotavirus. Todas las cepas de rotavirus G9 detectadas en el periodo 2005-2009 presentan el genotipo E1(B) de NSP4 encontrándose muy escasa variabilidad genética. Las secuencias deducidas de aminoácidos de NSP4 se mantienen altamente conservadas en las tres zonas hidrofóbicas, observándose algunos cambios en la región carboxi-terminal, en el dominio variable entre especies y en los dominios de unión a VP6 y a VP4. El análisis filogenético de los genes codificantes de VP7 y de NSP4, realizado tanto en forma individual como conjunta de ambos genes, demuestra que las secuencias se agrupan en tres “clusters”. Los estudios filogenéticos de los genes de VP7 y de NSP4 de cepas del genotipo G9 han permitido detectar 3 cepas (5,7%) con reordenamientos genómicos (“reassortments”) intra-genotipo.
