Los nuevos ingredientes vegetales a menudo contienen tipos y niveles desconocidos de microbios, y existe una laguna significativa en el conocimiento de los riesgos que pueden suponer estos contaminantes microbianos. Muchas proteínas de origen vegetal provienen de cultivos que se obtienen cerca del suelo y pueden estar contaminados con una amplia gama de organismos. Entre ellos pueden figurar bacterias formadoras de esporas que pueden sobrevivir a los tratamientos térmicos, por ejemplo. También se pueden introducir varios microbios durante la cosecha y el almacenamiento, o durante el proceso de fabricación de proteínas vegetales
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