El objetivo de este trabajo es realizar un análisis comparativo sobre la percepción de la estrategia didáctica denominada proyecto de aula basada en aprendizaje por proyectos, implementada en una modalidad presencial y una modalidad virtual en dos grupos de estudiantes de programas de ciencias de la salud de una universidad privada de Bogotá, Colombia, como estrategia integrativa de dos asignaturas del área científica. Fue un tipo de estudio trasversal, correlacional; con una muestra total de 111 estudiantes de primer semestre, pertenecientes a los periodos académicos 2019-2 y 2020-1, siendo uno de forma presencial y el otro de forma virtual debido al aislamiento por Covid-19. La estrategia se implementó en tres fases (preparación, desarrollo y presentación) y la percepción se evaluó a través de un cuestionario online ad-hoc, con escala tipo Likert, analizando los resultados a través del SPSS V24.0. Más del 90 % de los encuestados mostraron estar de acuerdo y muy de acuerdo con el efecto positivo de la estrategia en su motivación y su aprendizaje, se presentaron diferencias estadísticamente significativas relacionados con la efectividad de la estrategia de acuerdo con la modalidad en que se dio la clase. Se puede concluir que utilizar estrategias que fomenten el aprendizaje colaborativo permite la integración de dos o más asignaturas, sin embargo, la presencialidad física entre los estudiantes es fundamental para el éxito de estas estrategias.
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