Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d'élevage: l'ontologie ATOL

• P.Y. Le Bail ; J. Bugeon ; O. Dameron ^[3] ; A. Fatet ^[4] ; W. Golik ; J.F. Hocquette ^[1] ; C. Hurtaud ; I. Hue ; C. Jondreville ^[2] ; L. Joret ; M.C. Meunier-Salaün ^[1] ; J. Vernet ^[1] ; C. Nedellec ; M. Reichstadt ^[1] ; P. Chemineau ^[4]
  1. [1] Clermont Université

     Clermont Université

     Arrondissement de Clermont-Ferrand, Francia

     
  2. [2] University of Lorraine

     University of Lorraine

     Arrondissement de Nancy, Francia

     
  3. [3] Université de Rennes
  4. [4] Université François Rabelais de Tours

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• Localización: Productions animales, ISSN 0990-0632, Vol. 27, Nº. 3, 2014 (Ejemplar dedicado a: Phénotypage des animaux d'élevage), págs. 195-207
• Idioma: francés
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• Resumen
  • français

    Les avancées technologiques récentes en biologie permettent la production de grandes quantités de données capables de décrire de plus en plus finement les phénotypes. Pour traiter en masse ces informations à l'aide de programmes informatiques et comparer les phénotypes provenent d'études différents, il est indispensable de disposer d'un langage standardisé définissant sans ambiguïté les caractères phénotypiques auxquels pourront se réferer des utilisateurs variés (généticiens, physiologistes, biochimistes, modélisateurs, producteurs...). L'absence d'un tel référentiel pour les animaux d'élevage a conduit l'Inra, en collaboration avec ses partenaires internationaux, à mettre en place une ontologie nommée ATOL("Animal Trait Ontology for Livestock"). Cell-ci vise à définir les caractères phénotypiques des animaux d'élevage en les organisant en catégories, autour des performances (efficacité alimentarie, fertilité), des produits (production laitière, de viande, d'oeufs, de foie gras) et des préoccupations sociétales (bien-Être animal) se rapportant aux productions animales. Cet article explique les motivations à l'origine du projet, les objectifs poursuivis, la démarche adoptée et son originalité, ses limites et ses performances. Notre ambition est que cette ontologie, actuellement en accès libre sur la toile, soit largement utilisée pour référencer les caractères utilisés dans les publications et les bases de données, et ce pour favoriser une fouille bibliographique précise, facilitant ainsi l'intégration des informations à des fins de biologie systémique et prédictive.

  • English

    Recent technological advances allow the production of large biological datasets that makes the description of phenotypes more accurate. To analyze this huge amount of information with computers and thus compare phenotypes, it is essential to define a standard language that unambiguously defines phenotypic traits so as to serve as a reference, worldwide, to any possible user (geneticist, physiologist, biochemist, modeler, producer...). The abscence of such a language/reference for livestock species has led Inra, in collaboration with its international partners, to develop and ontology that is called ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock). Its aims are to define the phenotypic characters of livestock species, and allocate them to different types: performance traits (feed efficiency, fertility), production traits (dairy, meat, eggs, fatty liver) and societal traits (welfare). This article summarizes the objectives of the project, the original approach used to build the ontology, but also its current status and performance as well as its limitation. This ontology is publicly available ont the web and expected to be widely shared worldwide for the common use of unique terms to annotate publications, databases or mine literature and thus promote systemic as well as predictive biology.