Detección por RT-LAMP del tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) en semillas de tomate en Colombia

• Bados, Juan Pablo ^[1] ; Sánchez, Juliana ^[1] ; Davino, Salvatore ^[2] ; Panno, Stefano ^[2] ; Marín , Mauricio ^[1]
  1. [1] Universidad Nacional de Colombia

     Universidad Nacional de Colombia

     Colombia

     
  2. [2] University of Palermo

     University of Palermo

     Palermo, Italia

     
• Localización: Acta Agronómica, ISSN-e 2323-0118, ISSN 0120-2812, Vol. 73, Nº. 1, 2024, págs. 55-65
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • RT-LAMP detection of tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) in tomato-seeds in Colombia
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  • español

    El tomate (Solanum lycopersicum L.) es uno de los cultivos de mayor importancia mundial, con una producción cercana a 180 Mt/año. En la última década, este cultivo se ha enfrentado al surgimiento del tobamovirus Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), que se ha dispersado a los cinco continentes a causa de su eficiente transmisión mecánica y por semillas. En este trabajo se evaluó la presencia de este virus en Colombia utilizando RT-LAMP en 15 muestras de semillas de diferentes variedades procedentes de frutos comercializados en supermercados del país. Además, la ocurrencia del ToBRFV se confirmó mediante secuenciación Sanger de amplicones generados por RT-PCR convencional y en tiempo real. Los resultados de las pruebas RT-LAMP indicaron la presencia del ToBRFV en las 15 muestras evaluadas, la cual confirmó su identidad por RT-PCR y secuenciación de los productos de ~200 pb obtenidos con el par de primers F3/B3, así como de productos de ~800 y ~150 pb con los primers Tob-Uni_1/Tob-Uni_2 y ToBrFV_qs1/Tob-Uni_1, respectivamente. Los árboles filogenéticos obtenidos a partir de los análisis de las secuencias agruparon los aislamientos colombianos en el clado general mundial de esta especie viral, con muy altos niveles de identidad (>99 %). Finalmente, las pruebas de RT-qPCR también confirmaron la presencia del ToBRFV, el cual fue el primer registro de este virus en Colombia. Dado el riesgo que presenta la enfermedad causada por ToBRFV sobre los rendimientos y calidad de los frutos de tomate, es necesario que la cadena hortofrutícola del país implemente urgentemente medidas fitosanitarias para su manejo.

  • English

    Tomato (Solanum lycopersicum L.) is one of the most important crops in the world, with a production close to 180 mt/year. In the last decade, this crop has faced the emergence of the tobamovirus Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), which has spread to the five continents thanks to its efficient mechanical and seed transmission. In this work, the presence of this virus in Colombia was evaluated using RT-LAMP in 15 seed samples of different varieties of fruits sold in supermarkets throughout the country. In addition, the occurrence of ToBRFV was confirmed by Sanger sequencing of amplicons generated by conventional and real-time RT-PCR. The results of the RT-LAMP tests indicated the presence of ToBRFV in the 15 evaluated samples, its identity being confirmed by RT-PCR and sequencing of the ~200 bp products obtained with primers F3/B3, as well as products of ~800 and ~150 bp with the primers Tob-Uni_1/Tob-Uni_2 and ToBrFV_qs1/Tob-Uni_1, respectively. Phylogenetic trees obtained from the sequence analysis grouped the Colombian isolates within the general global clade of this viral species, with very high levels of identity (>99 %). Finally, RT-qPCR also confirmed the presence of ToBRFV in the tomato seeds, being the first report of this virus in Colombia. Given the risk that the disease caused by ToBRFV poses to tomato yields and quality, the country's tomato-growing sector must urgently implement phytosanitary measures for its management.