Analysis of Drosophila buzzatii transposable elements

• Autores: Nuria Rius Camps
• Directores de la Tesis: Alfredo Ruiz Panadero (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 2016
• Idioma: inglés
• Tribunal Calificador de la Tesis: Elena Casacuberta Suñer (presid.), María Pilar García Guerreiro (secret.), Emmanuelle Lerat (voc.)
• Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Genética por la Universidad Autónoma de Barcelona
• Materias:
  • Ciencias de la vida
    • Genética
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  DDD  TESEO 
• Resumen

  • Los elementos transponibles son unidades genéticas capaces de insertarse en otras regiones de los genomas en los que habitan y están presentes en casi todas las especies eucariotas estudiadas. El interés del análisis de los elementos transponibles no se debe únicamente a su consideración de parásitos intragenómicos. Los elementos transponibles suponen una enorme fuente de variabilidad para los genomas de sus hospedadores, y son por lo tanto claves para comprender su evolución. En este trabajo hemos abordado el análisis de los elementos transponibles de Drosophila buzzatii desde dos enfoques distintos, el estudio detallado de una única familia de elementos transponibles y el análisis global de todos los elementos presentes en el genoma. El estudio de inversiones cromosómicas en D. buzzatii llevó a la descripción del elemento transponible no autónomo, BuT5, que posteriormente se descubrió como elemento causante de inversiones polimórficas en D. mojavensis y D. uniseta. En este trabajo hemos caracterizado el elemento transponible BuT5 y hemos descrito su elemento maestro. BuT5 se encuentra en 38 especies del grupo de especies de D. repleta. El elemento autónomo que moviliza a BuT5 es un elemento P, del que hemos descrito 3 copias parciales en el genoma secuenciado de D. mojavensis y una copia completa en D. buzzatii. La copia completa y putativamente activa tiene 3386 pares de bases y codifica una transposasa de 822 residuos en siete exones. Por otra parte hemos anotado, clasificado y comparado los elementos transponibles presentes en los genomas de dos cepas de D. buzzatii secuenciadas recientemente con tecnología de nueva generación, y en el de D. mojavensis, la especie filogenéticamente más cercana secuenciada, en este caso mediante tecnología Sanger. Los elementos transponibles representan el 8.43%, el 4.15% y el 15.35% de los ensamblajes de los genomas de D. buzzatii st-1, j-19 y D. mojavensis respectivamente. Adicionalmente hemos detectado un sesgo en el contenido de elementos transponibles de los genomas secuenciados mediante tecnología de nueva generación, comparado con el contenido en los genomas secuenciados con tecnología Sanger. Hemos desarrollado un método basado en la cobertura que nos ha permitido corregir este sesgo en el genoma de D. buzzatii st-1 y contar con estimas mas realistas del contenido en elementos transponibles. Así hemos determinado que el contenido en elementos transponibles en D. buzzatii st-1 es de entre el 10.85% y el 11.16% del genoma. Adicionalmente las estimas nos han permitido inferir que el orden de los Helitrones ha experimentado múltiples ciclos de actividad y que las superfamilias Gypsy y BelPao han sido recientemente activas en D. buzzatii.