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Resumen de Análisis transcriptómico y de microarrays para la identificación de genes biomarcadores de la utilización de los nutrientes de la dieta en músculo esquelético de dorada (Sparus aurata)

Alberto Felipe Sáez Arteaga

  • La acuicultura constituye una de las actividades productivas de mayor desarrollo en las últimas décadas. Entre los peces de origen marino, la dorada (Sparus aurata) es la especie de mayor producción en España y en Europa. Sin embargo, a pesar del interés en la producción, los recursos genómicos para estudiar el impacto de los nutrientes de la dieta en el metabolismo son limitados. Actualmente, el análisis de expresión génica a nivel de mRNA es una de las principales herramientas utilizadas en estudios de genómica funcional. En este sentido, el estudio del transcriptoma mediante tecnologías de pirosecuenciación de última generación y el desarrollo de microarrays, que determinan perfiles de expresión de decenas de miles de genes, representan un avance para los estudios de la funcionalidad génica. El objetivo de esta tesis doctoral fue realizar un análisis transcriptómico del músculo esquelético de dorada con aplicación para estudios nutricionales, e identificar mediante microarrays, genes biomarcadores de la utilización de nutrientes. Cinco grupos de doradas fueron alimentadas durante 23 días con dietas de diferente composición: HPLLLC, MPHLLC, LPLLHC, MPLLHC, LPHLLC (letras mayúsculas representan niveles de nutrientes [High, Medium and Low], letras en superíndice representan el tipo de nutriente [Protein, Lipid and Carbohydrate]). Adicionalmente, durante un periodo similar, un grupo de doradas se mantuvo en ayuno. Se llevaron a cabo dos diseños experimentales: el experimento 1 fue diseñado para estudiar el transcriptoma del músculo esquelético de dorada y el experimento 2 tuvo como finalidad estudiar el aprovechamiento de los nutrientes de la dieta y el efecto de la composición sobre la digestibilidad, ingesta, parámetros somáticos y metabolismo intermediario. El análisis transcriptómico realizado con RNA de músculo esquelético de doradas, permitió obtener 691433 secuencias de alta calidad, correspondientes a 275,9 megabases. 4799 anotaciones fueron asignadas a categorías de ontología génica (GO). El análisis GO mostró que los procesos biológicos más representados correspondieron a oxidación-reducción, ciclo celular y división celular. Las funciones moleculares más abundantes fueron: unión a proteínas, unión a nucleótidos y actividad transferasa. La información transcriptómica se utilizó para analizar, mediante RT-qPCR, el efecto del estado nutricional sobre la expresión de genes relacionados con la cadena de transporte electrónico, fosforilación oxidativa y translocación de ATP al espacio intermembrana. De los genes analizados, la expresión de citocromo C oxidasa subunidad 5B y la caja de unión a ATP subfamilia G mostró una fuerte dependencia de la composición de la dieta, incrementando la expresión de dichos genes en peces alimentados con la dieta de menor contenido proteico y mayor contenido de carbohidratos. La información transcriptómica se utilizó, asimismo, para estudiar el efecto del estado nutricional y la composición de la dieta sobre el patrón global de expresión en músculo mediante microarrays. El análisis GO indicó que el ayuno se asocia a expresión diferencial disminuida en genes con funciones moleculares de actividad antioxidante y de unión a proteínas. Al realizar la comparación entre peces alimentados con dietas de diferente composición, se observó que las dietas de alto/medio contenido en proteína y bajo contenido de carbohidratos promovieron un incremento en la expresión de genes implicados en funciones de crecimiento, regulación y organización del citoesqueleto. Adicionalmente, mediante RT-qPCR, se analizó la expresión de genes implicados en procesos como: regulación de la miogénesis, regulación del crecimiento y vía de señalización Akt/TOR. En esta tesis doctoral, podemos concluir que la expresión de citocromo C oxidasa subunidad 5B, caja de unión a ATP subfamilia G, GHRs y MyoD2 podrían resultar de utilidad en estudios biotecnológicos encaminados a optimizar la utilización de los nutrientes en las dietas de doradas en cultivo.


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