Resumen de Interacciones moleculares del regulador XylS y la ARN polimerasa con el promotor Pm del plásmido TOL pWW0 de pseudomonas putida
La transcripción constituye el primer paso en el proceso de expresión génica y uno de los puntos principales sujetos a regulación. La ruta meta del plásmido TOL pWW0 de Pseudomomas putida codifica los enzimas necesarios para el catabolismo de alquilbenzoatos. El regulador transcripcional XylS, que pertenece a la familia AraC, activa la transcripción desde el promotor del operón meta en respuesta a la presencia de benzoato y derivados.
A lo largo de este trabajo de Tesis Doctoral se han estudiado diferentes aspectos tanto globales como específicos de la regulación de la transcripción desde el promotor de clase II, Pm, del operón meta por la proteína reguladora XylS. En trabajos anteriores se habían definido las secuencias en el promotor Pm reconocidas por el regulador XylS y la dependencia de dicho promotor por dos ARN polimerasas alternativas, asociadas a los factores 32 y 38, que mantienen la transcripción del operón meta a lo largo de la curva de crecimiento. Nuestros resultados nos han permitido definir las secuencia de nucleótidos en la región -10 que permite el reconocimiento por dichas ARN polimerasas alternativas. El promotor Pm parece estar diseñado para responder a la respuesta de estrés que provoca la presencia de compuestos aromáticos. Hemos identificado los aminoácidos del la proteína XylS que participan en el reconocimiento específico de las dos repeticiones de secuencia en el promotor Pm, lo que nos ha llevado a orientar la proteína en el promotor. La conformación cabeza-cola que adoptan los dos monómeros de XylS define la zona de contacto con la ARN polimerasa, que probablemente juega un papel importante en la activación de la transcripción. La unión secuencial y cooperativa de dos monómeros de la proteína XylS al promotor, provoca una curvatura gradual del ADN, que favorece los contactos con la ARN polimerasa y el inicio de la transcripción. Por último, el estudio del papel del 3-metilbenzoato (3MB) en la activac
