Intrones del grupo II en Sinorhizobium meliloti: Contribución de la Proteína y la Ribozima codificadas por RmInt1 a su escisión y movilidad
- Autores: Maria Dolores Molina Sanchez
- Directores de la Tesis: Nicolás Toro (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Granada ( España ) en 2008
- Idioma: español
- ISBN: 9788433849687
- Tribunal Calificador de la Tesis: Mercedes Maqueda Abreu (presid.), María Dolores López León (secret.), Ricardo Flores Pedauye (voc.), Fátima Gebauer Hernández (voc.), Alfredo Berzal Herranz (voc.)
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- Tesis en acceso abierto en: DIGIBUG
- Resumen
Los intrones del grupo II son ARNs catalíticos de gran tamaño con una estructura secundaria muy conservada y estable, que consiste en 6 dominios en doble hélice distribuidos de forma radial . Una de las peculiaridades más destacables de este tipo de intrones es que suelen codificar en su dominio IV una proteína multifuncional (IEPs) altamente específica para cada intrón con diferentes actividades que asisten y estabilizan la ribozima además de participar en los procesos de maduración y movilidad de estos intrones formando lo que se conoce como RiboNucleoproteín-Partículas (RNPs) .
Los intrones del grupo 11 maduran gracias a 2 reacciones consecutivas de transesterificación: en una primera reacción, un grupo hidroxilo ataca la unión exón-intrón 5', ocasionando la liberación del exón 5', mientras el intrón permanece unido al exón 3'; entonces el grupo hidroxilo libre del ex ón 5' ataca el sitio de maduración 3' y libera el intrón uniendo los exones. Se han descrito tres vías de escisión en cada una de las cuales, dependiendo de la naturaleza del nucleófilo en la primera reacción, el intrón se libera dando lugar a intrónlariat, circular y lineal.
Se encuentran ampliamente distribuidos en los genomas bacterianos y en los genomas de orgánulos eucariotas y se c onsideran los ancestros de los intrones espliceosómicos nucleares y de los retroelementos no-LTR.
En este trabajo se ha descrito una nueva clase de intrones, la clase IIB5, a partir de la predicción de estructura secundaria y de la conservación de los dominios RT de la IEP de un intrón encontrado en el plásmido críptico pRmeGR4b de Sinorhizobium meliloti GR4. Este plásmido se revela como un sumidero de elementos genéticos móviles que confiere plasticidad genómica a esta bacteria de suelo.
Además hemos estudiado el proceso de maduración del intrón del grupo 11 de Sinorhizobium meliloti RmInt1. Hemos puesto de manifiesto la escisión en forma de círculos por primera vez en intrones bacterianos. Hemos evaluado la implicación de la adenosina desapareada del dominio VI y la región de coordinación en la escisión y la movilidad de RmInt1. Por otro lado, la eficiencia de la ligación de exon es está muy disminuida. Se ha valorado la implicación de la IEP en la escisión de este intrón determinándose que no sólo contra el balance entre intrónlariat/circular sino que parece estar implicada en la precisión del proceso. Nos hemos centrado en el estudio de la región C-terminal de la IEP cuya funcionalidad no habías sido determinada en intrones IIB3. Hemos determinad o que forma parte del dominio madurasa aunque podría desempeñar funciones relacionadas con la estabilidad y la interacción entre las RNPs y el ADN diana durante el proceso de movilidad.
