El estudio de los ciclos de nutrientes, las transformaciones de energía y las relaciones tróficas en los ecosistemas acuáticos han sido y son foco de numerosas investigaciones para entender su función y su estructura. Este tipo de estudios se han basado tradicionalmente en balances masas de los nutrientes, en su enriquecimiento y la observación de las respuestas de los diferentes compartimentos, en el análisis elemental de los diferentes organismos y su determinación estequiométrica, o en el análisis de sus contenidos estomacales. Los isótopos estables (SIA) actúan como trazadores naturales a diferentes escalas: desde comunidades microbianas independientes hasta la escala de ecosistema, permitiendo estudiar tanto las relaciones tróficas de los organismos como los ciclos de nutrientes en todos sus compartimentos.
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