Las mutaciones en diferentes regiones del VHC se han implicado en la respuesta al tratamiento con IFN. Se secuenció la región NS5A del VHC (PKRBD, ISDR y V3) en el suero de 60 pacientes infectados por el genotipo 1 del VHC antes de comenzar el tratamiento con IFN pegilado más ribavirina (1b, n=47; 1a, n= 13) presentando diferentes resultados al mismo, pacientes con RVS (n=36) y pacientes NR (n=24). Además se determinó la secuencia de E2-PePHD en 23 pacientes (11 con RVS y 12 NR). La presencia de > 4 mutaciones en la región PKRBD se asoció con la RVS (P=0.001) y con la RVP (semana 12) (P=0.037), pero no con la RVR (semana 4). En la región ISDR las diferencias entre la presencia de mutaciones en dicha región y la RVS fueron casi estadisticamente significativas (68% de los pacientes con RVS presentaron mutaciones, mientras que no lo hizo el 45%; P=0.07). La región V3 presentó una alta variabilidad genética en todas las secuencias analizadas, pero esto no se relacionó con la RVS. Finalmente la región E2-PePHD (n=23) se encontró muy conservada. En el análisis multivariante, la presencia de > 4 mutaciones en la región PKRBD (OR: 9.9, P=0.006) y la edad igual ó < de 40 años (OR: 3.2, P= 0.05) se correlacionaron independientemente con la presencia de RVS. Además, se realizó un estudio evolutivo de las mutaciones en la región NS5A, con muestras tomadas al mes de iniciar el tratamiento y 6 meses tras finalizar el mismo en 3 pacientes con RVS y 15 NR, para seleccionar subpoblaciones virales resistentes al tratamiento. Hallando en la región V3 y sus flancos que las mutaciones aumentaban significativamente tras finalizar el tratamiento (P=0.05). Por tanto, la variabilidad genética en la región PKRBD (> 4 mutaciones) es un factor predicitivo de RVS y RVP en pacientes infectados por el genotipo 1 del VHC, tratados con IFN pegilado más ribavirina.
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