Caracterización genética del cuy doméstico de américa del sur mediante marcadores moleculares
- Autores: Diana Fernanda Avilés Esquivel
- Directores de la Tesis: Vincenzo Landi (dir. tes.), María Amparo Martínez Martínez (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Córdoba (ESP) ( España ) en 2016
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: M. E. Camacho Vallejo (presid.), Cecilio Barba Capote (secret.), Inmaculada Martín Burriel (voc.)
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- Tesis en acceso abierto en: Helvia
- Resumen
RESUMEN DE LA TESIS DOCTORAL DE Dª. DIANA FERNANDA AVILÉS ESQUIVEL Título: CARACTERIZACIÓN GENÉTICA DEL CUY DOMÉSTICO DE AMÉRICA DEL SUR MEDIANTE MARCADORES MOLECULARES 1. Introducción El cuy, Cavia porcellus es una especie de mamífero roedor doméstico que se encuentra distribuido a lo largo de la cordillera de los Andes, ligado íntimamente a los humanos desde hace 7000 años [1], ya que el cuy es uno de los pocos animales domesticados que convive con el hombre en el interior de las casas; en los Andes es frecuente que se críen alrededor de los fogones para obtener una temperatura adecuada para su reproducción, aunque lo hagan en áreas especialmente delimitadas [2].
Entre los usos de los cuyes, el más importante en los países andinos (Colombia, Ecuador, Perú y Bolivia) y africanos es su consumo de la carne de alta calidad proteica y baja en grasa, que está tomando mucha fuerza en el mercado gastronómico internacional, como plato exótico; presentan valor cultural-espiritual, como animal de trabajo, como animal de laboratorio, como animal de exhibición donde los cuyes son juzgados en diferentes categorías lo cual incentiva a tener mejores animales para exposición. Finalmente y más difundido a nivel internacional, es el uso del cuy como animal de compañía sobre el que existen preferencias relacionadas al tipo de pelo [3].
Debido a la necesidad de buscar ingresos económicos para las familias campesinas, se ha introducido el sistema de producción comercial y con él, líneas/razas mejoradas que se han propagado en todo la Región Andina absorbiendo casi por completo al cuy nativo [4].
El descubrimiento de los marcadores moleculares, ha proporcionado relevantes y múltiples aplicaciones en ciencia animal. Los microsatélites han sido utilizados ampliamente para estudios de caracterización y diversidad genética, relaciones genéticas entre poblaciones, influencia de una o varias razas sobre otra, pruebas de paternidad, consanguinidad y son una herramienta poderosa para determinar la diferenciación genética entre poblaciones; hasta la fecha no se ha realizado ningún estudio genético completo con cuyes domésticos de América del Sur. Con el objetivo de caracterizar al cuy doméstico de América del Sur, se diseño un panel de 16 microsatélites y se incluyo 4 del estudio de Kanitz et al. (2009) que serán de gran utilidad para caracterizar dicha población. Según este escenario, existe un vacío de la diversidad genética de cuy para lo cual hemos tomado estos trabajos como punto de partida para diseñar un panel de microsatélites eficiente para cuyes domésticos mejorados y nativos.
2. Contenido de la investigación Se obtuvieron aleatoriamente muestras de pelo provenientes de la grupa de los cuyes de las líneas comerciales Andina (AND), Perú (LPR) e Inti (INTI) y de cuyes nativos ecuatorianos (NTVE) de las diez provincias Andinas del Ecuador: Carchi, Imbabura, Pichincha, Cotopaxi, Tungurahua, Bolívar, Chimborazo, Cañar, Azuay y Loja. En el caso de las líneas comerciales, los animales muestreados se clasificaron de acuerdo a las características fenotípicas, en base al tamaño grande y caído de sus orejas, a la conformación del cuerpo parecido a un paralelepípedo al color del pelaje de cada línea: Andina (94) color blanco completo, Inti (94) bayo-amarillo, Perú (94) alazan-rojo. Para los cuyes nativos del Ecuador (94) se muestrearon animales de orejas de tamaño variado y erectas; conformación del cuerpo angulosa y de varios colores como por ejemplo el negro, gris, moro, alazán, lobo, violeta, bayo, blanco y sus combinacianes. Se obtuvieron muestras de cuyes nativos los países andinos que consumen carne de cuy actualmente: Colombia, COL (17); Perú, PERU (41); Bolivia, BOL (13). Como población de referencia se incluyeron 29 muestras de España, SPAIN. Para realizar la caracterización genética del cuy doméstico se identificó 16 secuencias de microsatélites en cavPor3 www.ensemble.org/Cavia_porcellus/Info/Index) por medio del buscador NCBI y se diseño sus respectivos cebadores utilizando Primer3 [5] y 4 microsatélites dinucleótidos fueron tomados de un estudio en cavias silvestres [6]. El panel final contó con 20 microsatélites específico para estudiar la diversidad genética del cuy doméstico. La eficiencia del panel se probó en 100 muestras de animales no relacionadas de Ecuador, Colombia, Perú, Bolivia y España. Para la extracción de ADN se seleccionaron de 3 a 5 pelos por muestra y se introdujeron ordenadamente en los pocillos de una placa de 8 x12, de forma que la raíz quedase en el fondo del pocillo. Se añadieron 100 µl de una solución de Chelex-100 al 5% a cada muestra, se calentaron a 95ºC durante 15 min, 60ºC durante 20 min y a 99ºC durante 3 min en un termociclador. Se cubrió la placa con una lámina selladora numerando la placa con la identificación correspondiente a la tanda y se congelaron hasta su uso posterior. La amplificación de los microsatélites se realizó mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y los fragmentos obtenidos en la PCR se separaron mediante electroforesis en un secuenciador automático ABI 3130. El análisis de los fragmentos y la tipificación alélica se realizó mediante los programas Genescan3.1.2 y Genotyper2.5 respectivamente. Se detectó un total de 216 alelos (10,8 alelos por locus). Los 20 microsatélites han resultado polimórficos, con un He: 0,778 y Ho: 0,589. El valor medio de PIC (0,746) y los valores de heterocigosidad indican que los microsatélites son altamente informativos [7]. La variabilidad genética de las poblaciones de cuyes del Ecuador (AND, INTI, LPR y NTVE) fue relativamente elevada (He: 0,791) y (Ho: 0,710), el número medio de alelos fue (10,94); se detectó un déficit de heterocigotos (FIS: 0,103; p<0,05) y una escasa diferenciación genética entre las poblaciones ecuatorianas, con un valor de FST muy bajo (0,2 %). Mediante el Análisis Molecular de Varianza (AMOVA) no se encontraron diferencias significativas entre los cuyes de los países andinos (FST: 2,9%); sin embargo se detectó una diferenciación genética del 16,67% entre las poblaciones sudamericanas y la población de España (SPAIN). No se encontró estructura genética entre los cuyes de Ecuador, ni entre los cuyes de Ecuador y los de los demás países andinos, ni entre las líneas nativas y las líneas comerciales. Solamente se diferencia claramente la población de España, población que fue separada del continente americano hace 500 años.
3. Conclusión Los resultados indican que, en su conjunto, la población de cuyes de Iberoamérica tiene una variabilidad genética elevada y una escasa estructura poblacional. Los resultados encontrados sugieren que sería preciso tomar medidas urgentes para evitar que continúe la erosión genética de los cuyes nativos de Ecuador y del resto de los países andinos. Habría que diseñar e implementar planes de recuperación y conservación de los cuyes nativos de Ecuador para impedir la pérdida de este recurso genético autóctono de América del Sur.
