La mayoría de las especies de peces tienen ciclos de vida complejos, en los que pasan a través de diferentes niveles tróficos y ocupan diferentes hábitats. En este sentido, los estuarios son ampliamente reconocidos como importantes zonas de cría, que soportan de manera natural, debido a su elevada productividad, altas densidades y elevadas tasas de producción de estadios jóvenes de numerosas especies marinas de peces. Desde 1997 se está llevando a cabo un extenso programa de muestreos mensuales de la comunidad acuática del estuario del Guadalquivir. Esta serie temporal ha revelado el papel esencial de este estuario en el golfo de Cádiz. Alrededor de 30 especies de peces marinos, algunas con gran interés pesquero, como boquerón (Engraulis encrasicolus), sardina (Sardina pilchardus), lubina (Dicentrarchus labrax) o corvina (Argyrosomus regius), lo utilizan regularmente como zona de cría. Algunas de estas especies realizan la puesta en el estuario, pero la mayoría entran estacionalmente como larvas, acumulan biomasa y regresan, como juveniles, al mar.
La distribución y abundancia de las especies peces y sus presas en el estuario está controlada fundamentalmente por las variables ambientales. De hecho, la coincidencia espacio-temporal de las máximas densidades de peces y de sus presas en la parte externa del estuario del Guadalquivir en primavera y verano señala a la disponibilidad de alimento como el factor clave que sustenta el papel esencial del estuario como zona de cría. Sin embargo, hasta ahora, no existía información sobre las relaciones tróficas en el estuario. Por ello, se ha obtenido una serie de datos única, con gran resolución a nivel individual, de la red trófica del estuario, que incluye dietas de individuos capturados en distintos muestreos y estimaciones independientes de la abundancia de predadores y presas. Esta serie ha sido obtenida en 95 pescas realizadas mensualmente a lo largo de un año en dos estaciones de muestreo (polihalina y oligohalina) e incluye 53 taxa y casi 100.000 individuos muestreados entre predadores (5.725 peces de 10 especies) y presas (88.101 presas de 43 taxa). Presenta, por tanto, la suficiente resolución espacial, diaria, mensual y estacional como para realizar inferencias a distintas escalas: individual, de especie y de red trófica.
Estos datos indican que existen dos grupos tróficos diferenciados, cuyas presas principales son copépodos y misidáceos, respectivamente. Sin embargo, a pesar de que el grado de solapamiento de las dietas a nivel de especies es elevado, encontramos una enorme variabilidad en las dietas a nivel individual, que es, además, consistente a lo largo de las distintas condiciones ambientales. El uso de estos datos con modelos de base individual (IBM's) ha permitido observar variaciones intraespecificas en la fuerza de selección de presas entre las distintas clases de conectividad o fenotipos de los predadores, que podrían estar afectando a la coexistencia de especies en la red trófica. En concreto, se ha encontrado que los individuos más fuertemente conectados (con muchas presas en sus estómagos) seleccionan preferentemente las presas más comunes, mientras que los individuos con menos presas en sus estómagos seleccionan preferentemente presas menos abundantes. Este patrón sugiere que la distribución de los distintos fenotipos en las poblaciones de predadores y la variación individual en la selección de presas podrían estar determinando la diversidad de la red trófica. No obstante, la variabilidad individual observada en la selección de presas representa, por el momento, el primer paso para llegar a entender las consecuencias de las relaciones tróficas en las dinámicas ecológicas y evolutivas de las poblaciones naturales.
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