La tesis comprende el estudio de la querella entre Descartes y Gassendi, así como la traducción y análisis de las Objectiones quintae, las Respuestas, la Disquisitio metaphysica y la Carta a Clerselier, en lo concerniente a las dos primeras meditaciones metafísicas. Uno de los objetivos fue esclarecer los enigmas que había acerca de la querella: su causa, las personas implicadas y la fecha de la reconciliación. Pero el objetivo principal consistía en analizar los argumentos de ambos autores y su solidez o debilidad, caso por caso.
El método, en cuanto a la querella, ha consistido en el análisis comparativo de los testimonios históricos: las biografías realizadas por Bougerel, Baillet, Camburat…, la correspondencia y las propias obras de Descartes y Gassendi. Con respecto al apartado filosófico, se buscaron los fundamentos argumentales de ambos contendientes: si caían en dialelo, contradicción o cualquier otro de los supuestos de falsedad dialécticos; la clase de apoyo que daban a sus disertaciones (deducción, inducción, tipos de ejemplificación, criterio de autoridad, consensus gentium, evidencia inmediata, luz natural…). En el campo filológico, sus citas fueron buscadas y comparadas, a fin de saber si eran fieles. Lo mismo sucedió con las que no tenían indicada su referencia. Los resultados de esta investigación acerca de la querella consiguieron mostrar que la causa de la discusión fue un plagio de Descartes a Gassendi, que el artífice de que ésta pasase del ámbito privado al público fue Marin Mersenne y que Samuel Sorbière la alargó en el tiempo con la publicación de la Disquisitio metaphysica. También se estableció la fecha de la reconciliación en los primeros veintiséis días de julio de 1647, cuando antes se dudaba en un lapso temporal de un año (entre 1647 y 1648).
Con respecto al análisis de los textos, se comprueba que el sistema filosófico cartesiano adolece de coherencia al fundamentar el conocimiento humano en la metafísica. Ésta debería ser la cumbre; no la base. La proposición cogito, ergo sum, es un entimema de primer orden, por más que Descartes lo negase, y no era necesaria la inexistencia de lo corpóreo para llegar a esa conclusión. La negación de los prejuicios anteriores conlleva la adopción de otros nuevos y muchas contradicciones. Descartes basa la idea de sustancia del espíritu en una sola función, lo cual es insuficiente. La sustancia es incorpórea para Descartes; en Gassendi es al contrario. El espíritu es para ambos incorpóreo: Descartes se apoya en que la única cualidad que percibe de él es el pensamiento, mientras que Gassendi lo hace en la fe… No hubo posibilidad de acuerdo: fue un enfrentamiento entre el solipsismo e innatismo de Descartes y el materialismo y sensualismo de Gassendi.
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