Estudio de comunidades bacterianas naturales: diferenciación de las actinobacterias mediante electroforesis en doble gel en gradiente de desnaturalización (DDGGE)

• Autores: Alberto Ortiz Martínez
• Directores de la Tesis: Juan Miguel González Grau (dir. tes.)
• Lectura: En la Universidad de Sevilla ( España ) en 2005
• Idioma: español
• Número de páginas: 258
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  • Tesis en acceso abierto en: Idus
• Resumen

  • El primer objetivo, en esta Tesis, es la optimización de las condiciones a emplear para el estudio de comunidades bacterianas naturales. Esto se conseguirá mejorando los gradientes empleados en los geles en condiciones desnaturalizantes.

    En lo referente a la optimización de los gradientes, hay que tener en cuenta que en las muestras naturales las comunidades presentes son heterogéneas, lo que hace necesaria una optimización de los gradientes de desnaturalización, con el fin de mejorar la separación de las bandas de ADN resultantes de la muestra, así por ejemplo el grupo de las Actinobacterias que suele ser uno de los más numerosos presenta una mayor migración que el resto de los grupos encontrados en ese tipo de muestras. Por lo tanto se intentará la posibilidad de optimizar dos gradientes independientes para mejorar la resolución de los estudios de poblaciones en geles con gradiente de desnaturalización.

    Un segundo objetivo de esta Tesis es el desarrollo de métodos que optimicen el estudio de las comunidades bacterianas naturales, tratando de desarrollar un método para mejorar los resultados, tanto desde un punto de vista de manipulación como desde un punto de vista de optimización de recursos que supone el estudio de múltiples comunidades. El objetivo es tratar de reducir tanto el tiempo, como los costes materiales para el estudio de cada muestra, ya que se genera un gran volumen de trabajo que dificulta estudios completos de comunidades bacterianas en ambientes naturales.

    El tercer objetivo consiste en el desarrollo de unas condiciones en las electroforesis tales que permitan, con un alto grado de fiabilidad, distinguir a las Actinobacterias comunidades bacterianas. Se trata de provocar una barrera bien física bien química que permita la diferenciación de este grupo concreto durante la electroforesis. Este objetivo se basa en el interés de la detección de Actinobacterias en el bioeterioro del patrimonio histórico, específicamente en ambientes hipogeos, tales como cuevas y catacumbas. Esta es una de las principales líneas del grupo de investigación que ha permitido la realización de esta Tesis.

    El cuarto objetivo es la aplicación de estas condiciones y metodologías a otros escenarios, y comprobar que siguen siendo eficaces para la distinción de Actinobacterias, con una alta seguridad. Un interés especial es en aquellos ambientes relacionados con ambientes extremos, donde las poblaciones predominantes son las bacterias extremófilas, como son las bacterias acidófilas y termófilas, siendo este apartado una de las nuevas líneas de investigación emergentes en el grupo de investigación donde se desarrolla este trabajo.

    Un quinto objetivo es determinar si las condiciones establecidas para la distinción de grupos concretos, en este caso de las Actinobacterias, afecta a la resolución de los geles de poliacrilamida en comparación con los geles habitualmente empleados en las electroforesis en condiciones desnaturalizantes conseguidas mediante agentes químicos.

    Como sexto objetivo se trata de dar una explicación coherente de porqué las condiciones establecidas en los objetivos tres y cuatro son efectivas, así como el porqué de las diferencias de migración del grupo de las Actinobacterias con respecto al resto de los grupos bacterianos, en especial la relacionada con las bacterias Gram negativas con un alto contenido en G+C, ya que estas presentan una migración menor con respecto a las bacterias Gram positivas con un porcentaje de G+C similar y otras posibles diferencias dependiendo del grupo bacteriano al que pertenezcan.

    Como objetivo adicional se plantea hacer un estudio sobre uno de los géneros más frecuentes en los ambientes hipogeos estudiados por el grupo, concretamente el género Agromyces y aclarar la posición filogenética de sus especies ya que muchas de las descripciones y distinciones entre especies/subespecies están basadas en aspectos bioquímicos, sin utilizar datos genéticos o bien siendo estos poco concluyentes.