El VIH es un virus que aún en la actualidad sigue siendo uno de los principales y más graves problemas para la salud pública a nivel mundial. A lo largo de los años han ido desarrollándose diferentes fármacos para tratar esta infección y para limitar la aparición de resistencias. En este sentido, el estudio de dichas resistencias en pacientes de nuevo diagnóstico que no hayan tenido experiencia previa con terapia antirretroviral (naïve) es de gran importancia tanto a nivel epidemiológico como clínico. El objetivo de esta tesis ha sido evaluar la prevalencia de resistencias a fármacos antirretrovirales en cohortes de personas que viven con el VIH naïve tanto a nivel nacional como europeo. Para ello se llevaron a cabo dos estudios que se desarrollan en esta tesis en dos capítulos. En el primer capítulo se estudiaron las resistencias transmitidas a fármacos inhibidores de la integrasa (INI) y a fármacos inhibidores de la retrotranscriptasa inversa análogos a nucleósidos (ITIAN) en un consorcio (MeditRES) de personas que viven con el VIH y que fueron diagnosticadas en países europeos de la zona mediterránea (Francia, Grecia, Italia, Portugal y España) durante los años 2018 a 2021. Para ello, en el Hospital Universitario Clínico San Cecilio de Granada se analizaron, con diferentes herramientas, las secuencias FASTA de este centro y los demás centros colaboradores. Además, se analizaron las variables demográficas. En el caso de los INI, se observó una mayor proporción de resistencia clínicamente relevante en los fármacos de primera generación en comparación con los de segunda generación (2,29 % frente a 0,15 %). Respecto a los ITIAN, la prevalencia de resistencia clínicamente relevante fue del 1,07 % para emtricitabina/lamivudina, del 0,89 % para tenofovir/TAF (sin detectarse casos de resistencia completa), y del 1,74 % para abacavir, siendo únicamente el 0,33 % de los casos considerados como resistencia total a este último. En relación con el análisis de las mutaciones de resistencia transmitida (SDRM) en el grupo de los INI, se evidenció que su prevalencia fue inferior a la de resistencia clínica, lo cual puede explicarse por la existencia de determinadas mutaciones relevantes que no están incluidas en el listado convencional de SDRM. En contraste, en el caso de los ITIAN, la prevalencia de SDRM fue superior a la de resistencia clínicamente relevante. Esta discrepancia se debe, principalmente, a que la mayoría de los pacientes con SDRM presentaban mutaciones aisladas (singletons), las cuales, en muchos casos, no conllevan un impacto fenotípico significativo. En el capítulo dos, por otro lado, se estudiaron las resistencias transmitidas a antirretrovirales en la cohorte CoRIS, una cohorte a nivel nacional, durante los años 2019-2021. Todos los centros participantes proporcionaron secuencias FASTA que, tras un estudio de calidad, se analizaron con el algoritmo de Stanford. La prevalencia de mutaciones de resistencia transmitida durante el periodo de estudio fue baja en todos los grupos de antirretrovirales analizados. Específicamente, se observaron tasas del 3,8 % en los ITIAN, del 0,87 % en los inhibidores de la proteasa (IP), y del 0,15 % en los INI. La mayor prevalencia de SDRM se registró en el grupo de los inhibidores de la transcriptasa inversa no análogos de nucleósido (ITINAN), con un 6,3 %. En cuanto a la resistencia clínica, los datos mostraron un patrón diferente. Se detectó una mayor tasa de resistencia clínica en los INI (3,03 %) que de SDRM, lo que contrasta con lo observado en el grupo de los ITIAN, donde la prevalencia de resistencia clínica fue del 4,33 %, superando a la de las mutaciones transmitidas.
HIV is a virus that is still one of the main and most serious public health problems worldwide. Over the years, different drugs have been developed to treat this infection and, with it, the emergence of resistance. The study of such resistance in newly diagnosed patients who have had no previous experience with antiretroviral therapy (naïve) is of great importance both epidemiologically and clinically. The aim of this thesis was to evaluate the prevalence of antiretroviral drug resistance in cohorts of naïve people living with HIV at both national and European level. For this purpose, two studies were carried out, which are developed in this thesis in two chapters. In the first chapter, transmitted resistances to integrase strand transfer inhibitors (INSTI) and nucleoside reverse transcriptase inhibitor drugs (NRTI) were studied in a consortium (MeditRES) of people living with HIV who were diagnosed in European countries of the Mediterranean area (France, Greece, Italy, Portugal and Spain) during the years 2018 to 2021. For this purpose, FASTA sequences from this center and the other collaborating centers were analyzed with different tools at the San Cecilio University Clinical Hospital in Granada. In addition, demographic variables were analyzed. In the case of INSTIs, a higher proportion of clinically relevant resistance was observed in first-generation drugs compared to second-generation drugs (2.29% vs. 0.15%). Regarding NRTIs, the prevalence of clinically relevant resistance was 1.07% for emtricitabine/lamivudine, 0.89% for tenofovir/TAF (with no cases of complete resistance detected), and 1.74% for abacavir, with only 0.33% of cases considered as complete resistance to the latter. In relation to the analysis of transmitted resistance mutations (SDRM) in the INSTI group, it was found that their prevalence was lower than that of clinical resistance, which can be explained by the existence of certain relevant mutations that are not included in the conventional list of SDRM. In contrast, in the case of NRTIs, the prevalence of SDRM was higher than that of clinically relevant resistance. This discrepancy is mainly due to the fact that most of the patients with SDRM had isolated mutations (singletons), which, in many cases, do not have a significant phenotypic impact. Chapter two, on the other hand, studied transmitted antiretroviral resistance in the CoRIS cohort, a nationwide cohort, during the years 2019–2021. All participating centers provided FASTA sequences that, after a quality study, were analyzed with the Stanford algorithm. The prevalence of transmitted resistance mutations during the study period was low in all antiretroviral groups analyzed. Specifically, rates of 3.8% were observed in NRTI, 0.87% in PIs (protease inhibitors), and 0.15% in INSTIs. The highest prevalence of SDRM was recorded in the non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NNRTI) group, at 6.3%. Regarding clinical resistance, the data showed a different pattern. A higher rate of clinical resistance was detected in INSTIs (3.03%) than SDRM, which contrasts with what was observed in the NRTI group, where the prevalence of clinical resistance was 4.33%, exceeding that of transmitted mutations.
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