Los virus de ARN y ADN monocatenario replican sus genomas con altas tasas de mutación y recombinación, generando nuevas variantes y cepas capaces de causar nuevas enfermedades o superar la resistencia del huésped y los tratamientos terapéuticos. Estas características permiten a los virus organizarse en reservorios de genomas variantes genéticamente relacionados conocidos como cuasiespecies virales. La generación continua de variantes dentro de los espectros mutantes facilita la adaptación viral a entornos cambiantes y contribuye a la resistencia a los tratamientos antivirales.
En esta Tesis Doctoral se caracterizó cuasiespecies virales de diferentes sistemas virales: un virus de ADN monocatenario que infecta a las plantas, el geminivirus Digitaria streak virus (DSV), y un virus de ARN que infecta a especies de peces, el virus de la necrosis nerviosa del mero rojo (RGNNV). Mediante una combinación de tecnologías de secuenciación y análisis bioinformáticos, se investigó la estructura genética, así como la dinámica mutacional y evolutiva, de las poblaciones virales intrahospedador. Además, este trabajo explora la mutagénesis letal dirigida como estrategia antiviral contra el SARS-CoV-2 en cultivos celulares, en combinación con la interrupción mediada por péptidos del complejo de replicación y transcripción viral.
Los resultados presentados en esta Tesis refuerzan la importancia del análisis del conjunto de la diversidad genética de los virus, enmascarada por las secuencias consenso, que representan las mutaciones fijadas en la población en un tiempo determinado. El análisis de los espectros de mutantes permite incidir en cómo las interacciones entre el virus y su entorno influyen en su adaptación, virulencia y respuesta a los tratamientos antivirales. Por lo tanto, se debe de abordar la evolución viral desde una perspectiva integrada que considere la diversidad genética total de las poblaciones virales, incluyendo las mutaciones minoritarias.
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