Las enfermedades tiroideas autoinmunes (ETAIs) son patologías órgano-específicas secundarias a una desregulación de la homeostasis del sistema inmune, que da lugar a una respuesta inmunitaria inadecuada frente a antígenos tiroideos propios. Las ETAIs más importantes son la tiroiditis de Hashimoto (TH) y enfermedad de Graves-Basedow (EG). Son enfermedades multifactoriales a las que contribuyen factores genéticos y ambientales, así como alteraciones epigenéticas y de la regulación inmunitaria. El objetivo de esta tesis ha sido comprender algunos de los mecanismos involucrados en la patogénesis de las ETAIs, incluyendo la influencia epigenética de las histonas deacetilasas (HDACs) así como estudiar el posible papel del microambiente tiroideo en el origen de estas enfermedades. En este trabajo, demostramos una expresión alterada de varias HDACs en las ETAIs, especialmente de la HDAC9. La expresión de HDAC9 estaba aumentada tanto en tejido tiroideo como en células mononucleares de sangre periférica. Además, los linfocitos T reguladores (Tregs) eran la subpoblación inmune que más incrementaba la expresión de HDAC9, sugiriendo un posible papel de esta histona en la función defectuosa de los Tregs en ETAIs. La inhibición de HDACs podría por ello suponer una terapia potencial en el tratamiento de las ETAIs. Para el estudio del microambiente tiroideo, aplicamos técnicas de transcriptómica espacial (TE) en muestras de tejido tiroideo de controles sanos y pacientes con ETAIs. Identificamos en ETAIs la presencia de células foliculares tiroideas (CFTs) dañadas con un incremento de marcadores relacionados con la transición epitelio-mesénquima (EMT). Además, describimos CFTs con un aumento de moléculas relacionadas con la presentación antigénica y con vías de proliferación celular y reparación de lesiones, como por ejemplo la vía de CD74 y MIF, que podrían tener un papel patogénico en las ETAIs. Por otro lado, encontramos dos subpoblaciones de fibroblastos específicas en el tejido conectivo: los miofibroblastos ADIRF+, principalmente aumentados en la EG; y los fibroblastos asociados a inflamación (IAFs), incrementados en pacientes con TH. Asimismo, describimos la presencia de vasos sanguíneos fenestrados con diafragmas PLVAP+ en las ETAIs, especialmente en la EG. Nuestros datos revelan la presencia de subpoblaciones específicas de células epiteliales tiroideas y estromales que podrían desempeñar un papel clave en la patogénesis de las ETAIs
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