El departamento de Vaupés constituye un territorio colombiano en el cual convergen 27 comunidades indígenas, caracterizado por una significativa diversidad lingüística y cosmovisiones que abarcan un amplio espectro. En este contexto, dichos pueblos se enfrentan al desafío de desarrollar un sistema educativo que no solo supere los vestigios de la historia de colonización, sino que también reconozca y valore sus ontologías múltiples. La presente tesis aborda las tensiones inherentes a la enseñanza de las ciencias naturales, en la cual conceptos científicos escolares, tales como el sonido, reducido a vibraciones mecánicas en el ámbito de la física escolar, adquieren en el contexto de las cosmologías propias dimensiones espirituales, de memoria colectiva y una significativa agencia de lo no humano. En el estudio, se implementó un enfoque cualitativo de naturaleza colaborativa, mediante el cual se investigaron las percepciones de cuatro educadores provenientes de tres instituciones educativas de la región. Este enfoque metodológico integró una revisión crítica de los marcos teóricos con el desarrollo de un trabajo de campo etnográfico. Dicho estudio se sustentó en la realización de diálogos territoriales, la observación participante, entrevistas semiestructuradas y un apoyo importante de la teoría actor-red. Los hallazgos del estudio indican que la educación científica en contextos interculturales requiere la negociación de significados, labor que complejiza el que hacer del docente en la región. El paradigma escolar convencional, por ejemplo, se fundamenta en la noción de organismos vivos, sin embargo, las comunidades locales atribuyen sentido de agencias a los ríos, la selva y los lugares sagrados, desafiando la percepción dominante de las ciencias escolares y proponiendo una perspectiva más integral y compleja de la naturaleza. Las traducciones reduccionistas, como ecosistema equivalente a casa de todos, puede omitir las reciprocidades sagradas, y la percepción acústica puede ignorar el valor del sonido del ritual del Yuruparí. Estas tensiones, lejos de ser interpretadas como simples diferencias conceptuales o de percepción, reflejan ontologías en conflicto, donde lo universal escolar científico puede chocar con las ontologías relaciones de los pueblos indígenas del gran resguardo del Vaupés. La investigación evidencia que el aula en esta región opera como un espacio de política ontológica, donde el docente desde su responsabilidad de mediador enfrenta desafíos de articular estándares de educación nacional en ciencias con los saberes locales sin jerarquizarlos. Los hallazgos señalan que la interculturalidad crítica no puede reducirse a traducciones literales, sino que exigen reinterpretaciones situadas. Aunque la imposición histórica de los modelos educativos occidentales ha fragmentado las identidades, se reconocen experiencias emergentes de diálogo de saberes que resignifican lo escolar desde lo local. Este trabajo aporta a debates globales sobre decolonización de la ciencia, mostrando cómo territorios multiculturales exigen redefinir lo "universal" desde el pluralismo epistémico. La formación docente se revela clave: no como transmisores de un conocimiento único, sino como facilitadores de negociaciones ontológicas que protejan la diversidad como condición de vida.
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