Untangling lineages: population genetics and phylogenomics of Auxis Rochei and Euthynnus Alletteratus
- Autores: Judith Ollé
- Directores de la Tesis: Jordi Viñas de Puig (dir. tes.), Núria Sanz Ball-Llosera (codir. tes.), Rosa M. Araguas Sola (codir. tes.)
- Lectura: En la Universitat de Girona ( España ) en 2025
- Idioma: inglés
- Tribunal Calificador de la Tesis: José Carlos Báez Barrionuevo (presid.), Oriol Vidal Fábrega (secret.), Natalia Díaz Arce (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biología Molecular, Biomedicina y Salud por la Universidad de Girona
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
- català
La bacoreta (Euthynnus alletteratus) i la melva (Auxis rochei) són dues espècies de peixos que pertanyen al grup dels petits túnids. Espècies molt properes en termes evolutius a les tonyines. Com elles, també són explotades com a recurs pesquer i, tot i que tenen un valor de mercat més baix, cada any tenen unes captures molt elevades. Per això, l’estudi i seguiment de les seves poblacions és essencial per tal de garantir una explotació sostenible. En aquest sentit, les eines genètiques juguen un paper fonamental, ja que permeten estudiar la diversitat genètica, determinar si aquesta es distribueix de manera diferencial en l’espai (i el temps) i, per tant, saber si existeixen poblacions genèticament diferenciades. A més, els mètodes moleculars també permeten validar que l’espècie capturada sigui realment l’espècie objectiu. En aquesta tesi s’ha estudiat aquests aspectes per ambdues espècies, investigant si hi havia més d’una població en cadascuna d’elles, quina era la diversitat genètica de les seves poblacions i si l’assignació visual de les espècies coincidia amb la informació genètica. A més, donat que són dues espècies molt properes evolutivament i amb comportaments ecològicament similars, també s’han comparat les seves dinàmiques poblacionals. L’estudi s’ha realitzat tant amb marcadors genètics clàssics com amb tècniques de seqüenciació massiva. Pel que fa a la bacoreta, els resultats han mostrat que les diferències genètiques entre els individus del nord de l’Atlàntic i els del tròpic són tan elevades que, en realitat, podrien correspondre a dues espècies separades. A més, hem observat que també hi ha diferenciació genètica entre les diferents localitats estudiades, indicant l’existència de poblacions diferents dins de cadascuna de les dues possibles espècies. En relació amb la melva, hem identificat dues poblacions dins del Mediterrani, separant els individus al voltant de la península Ibèrica dels del nord d’Àfrica. Els nostres estudis també han revelat que part de les captures de melva al Mediterrani són en realitat de melva llisa, una espècie propera que es pensava absent de la regió. Els resultats obtinguts en aquesta tesi haurien de servir per implementar mesures de gestió de les pesqueries que garanteixin la sostenibilitat per a les espècies estudiades, incloent el correcte reconeixement de les captures i dels estocs. El reconeixement d’aquestes dues espècies de bacoreta com a estocs pesquers diferents és la mesura més urgent que s’ha d’implementar per part de l’organisme responsable de la seva conservació.
- English
Effective fisheries management is crucial to prevent overfishing, avoid practices that deplete stocks, and aid in the recovery of populations. In fisheries research, genetics plays a vital role in understanding how fish populations evolve and adapt over time, as well as for accurate species identification. Nowadays, the application of animal genetics and genetic techniques involves the use of genetic markers, whose potential has expanded with technological advancements. Initially relying on single genetic markers, conservation genetics now benefits from whole-genome techniques and high-throughput sequencing to better estimate the genetic diversity of species and populations. Euthynnus alletteratus and Auxis rochei are two species from the Scombridae family that inhabit tropical and subtropical epipelagic ecosystems. While E. alletteratus exhibits a philopatric association with specific oceans, A. rochei has a worldwide distribution, inhabiting all oceans.
In the present thesis, we have analysed the genetic diversity of A. rochei in the western and central Mediterranean Sea by the usage of classical markers as de mitochondrial DNA control region and microsatellites loci .We have demonstrated how even for a cosmopolitan pelagic species, population structure can be found in a relatively small geographic area. Our results suggest that, reproductive behaviours as migration to natal areas and spawning in more coastal areas, could be factors that explain the detected population patterns. Analysing the genetic variability of the mitochondrial DNA control region and the nuclear gene TmO4c4, we have demonstrated that contrary to what was described Auxis thazard can also be present in the Mediterranean Sea.
In this thesis we have also analysed the population genetic structure of E. alletteratus and the phylogenetic relationship among individuals inhabiting in the Atlantic Ocean and Mediterranean Sea. These analyses were performed by sequencing nuclear and mitochondrial genes as well as through the analyses od thousands of SNPs. Sampling covered an exceptional wide area from the westernmost Gulf of Mexico to Malta and from the southernmost Gabon to Portugal locations. These results depicted a complex genetic structure, formed by three genetically distinct populations in the northern distribution and three genetically distinct populations in the tropical Atlantic. We unveiled a case of cryptic speciation that challenges the current knowledge of these species.
Both the results obtained for A. rochei and E. alletteratus indicate the urgency of designing plans that allow the effective management of these species in order to ensure their viability.
- català
