COVID-19 dynamics and SARS-CoV-2 evolution: From epidemic control to genotype networks
- Autores: Iker Atienza Díez
- Directores de la Tesis: Susanna C. Manrubia (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad Autónoma de Madrid ( España ) en 2025
- Idioma: inglés
- Número de páginas: 252
- Tribunal Calificador de la Tesis: Josefa Antón Botella (presid.), Pedro José de Pablo Gómez (secret.), José Antonio Cuesta Ruiz (voc.), Ester Lázaro Lázaro (voc.), Jaime Iranzo Sanz (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Física de la Materia Condensada, Nanociencia y Biofísica por la Universidad Autónoma de Madrid; la Universidad de Murcia y la Universidad de Oviedo
- Calificación: Sobresaliente Cum Laude
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: Biblos-e Archivo
- Resumen
Las enfermedades infecciosas han influido profundamente en los hábitos y sociedades humanas, suponiendo una amenaza constante para nuestra supervivencia. Esta tesis investiga distintos aspectos de la epidemiología a través de diversas perspectivas. En primer lugar, introducimos y analizamos un modelo matemático compartimental para estudiar las estrategias de priorización en el despliegue de vacunas. Tras analizar un modelo sintético para abordar las principales características fenomenológicas, exploramos un escenario más detallado para implementar variaciones demográficas entre países, múltiples tasas de vacunación, diferentes patrones de contacto entre grupos, y estimaciones del riesgo de mortalidad por infección según la edad. En segundo lugar, investigamos el papel de la inmunidad cruzada entre cepas virales sucesivas utilizando un modelo SIR modificado. Nuestro estudio se cierra con un análisis exhaustivo de millones de genomas de SARS-CoV-2 a resolución semanal y la reconstrucción de las redes de genotipos asociadas. Estas redes, en las que los nodos representan haplotipos —secuencias únicas en una región genómica de interés— y los enlaces conectan haplotipos a una mutación de distancia, proporcionan información clave sobre los mecanismos que impulsan la evolución del SARS-CoV-2. Nuestros hallazgos amplían nuestra comprensión de las estrategias de distribución de vacunas y de la dinámica evolutiva de poblaciones virales reales, con la esperanza de ofrecer valiosas perspectivas para futuras intervenciones de salud pública
