Existen diferentes procesos que pueden explicar la discordancia entre árboles de genes y de especies. Por un lado, la división de linaje incompleta (ILS) lleva a la retención de polimorfismos ancestrales y explica la mezcla de haplotipos entre especies o poblaciones distintas, pero la hibridación también produce patrones similares, siendo que resulta en haplotipos de un grupo que son compartidos con un grupo distinto y que difieren de los haplotipos de otras poblaciones conespecíficas. Si se utilizan marcadores moleculares que estuvieron involucrados en estos eventos (ILS o hibridación) para análisis filogenéticos o filogeográficos, darán una visión diferente de la historia poblacional de la que darían marcadores que no muestran evidencia de introgresión. Se han propuesto algunos métodos analíticos que permiten diferenciar entre ILS e hibridación, varios de ellos en el marco de la filogeografía estadística, pero distinguir entre ambos aún continua constituyendo un gran desafío en biología evolutiva. Liolaemus es un género de lagartijas muy diversificado en América del Sur Austral, del cual se describieron ~257 especies, aunque se ha sugerido en múltiples publicaciones que la diversidad real de Liolaemus se encuentra subestimada. Esto se debe a que durante mucho tiempo se consideraron especies únicas, en algunos casos con gran distribución geográfica y amplia variación cromática y morfológica, las que en realidad constituyen complejos de especies. Este es el caso de las especies descriptas como Liolaemus boulengeri y Liolaemus rothi, para los cuales se han descripto actualmente cinco especies del complejo boulengeri y seis del complejo rothi. Por otro lado, no existe consenso entre publicaciones que permitan reconocer las relaciones filogenéticas dentro del subgénero Eulaemus, tanto dentro como entre grandes grupos y en el último caso, se han observado patrones parafiléticos que involucran especies de estos dos complejos. Esto puede deberse a representaciones taxonómicas incompletas o la necesidad de incorporar mayor cantidad de datos. En base a otros estudios previos de complejos de Liolaemus, es claro que los límites de especies en este género aún no están bien definidos, y la división incompleta de linajes y la introgresión han sido propuestas como explicaciones plausibles para algunos de los diseños observados. En esta tesis se propone estudiar las relaciones filogenéticas dentro de uno de los subgéneros (Eulaemus, 144 especies), así como también estudiar las posibles causas de la parafilia observada entre los complejos boulengeri y rothi.
Different processes could explain gene tree discordance. On the one hand, incomplete lineage sorting (ILS) could lead to the retention of ancestral polymorphism, and closely related species could show mixed haplotypes. On the other hand the hybridization is a phenomenon that could produce similar patterns of gene tree discordance. Different analytical method to differentiate between both has been proposed, but arriving to conclusions still challenging.
The lizard genus Liolaemus is a widely distributed group, endemic of South America. It is composed for 257 species, but several publications have suggested that its diversity is underestimated. Since the past years, many new species has been described. For the particular case of Liolaemus boulengeri and Liolaemus rothi, both have been described as widely distributed species with high morphologic variation among populations, and later they were proposed as species complexes and many new species have been described (the boulengeri complex: five species; the rothi complex: six species).
On the other hand, there is no consensus among publication about the phylogenetic relationships among and within main clades of the Liolaemus genus. This could be due incomplete taxonomic sampling and/or not enough loci. For example, Avila et al. (2006), recovered different populations of the boulengeri and rothi complexes as paraphyletic, showing that the species limits are not clear here, and that ILS and hybridization could be plausible explanation.
Here, I study the phylogenetic relationships of one of the subgenus (Eulaemus, 121 species), as well as possible causes of the observed paraphyly between the boulengeri and rothi complexes.
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