Herramientas moleculares para la caracterización genética de allium sativum l. Y otras especies vegetales

• Autores: Ricardo Parreño Montoro
• Directores de la Tesis: Héctor Candela Anton (dir. tes.)
• Lectura: En la Universidad Miguel Hernández de Elche ( España ) en 2025
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Santiago García Martínez (presid.), Jose Vicente Die Ramon (secret.), Mónica Pradillo Orellana (voc.)
• Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Bioingeniería por la Universidad Miguel Hernández de Elche
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en: RediUMH
• Resumen

  • El ajo (Allium sativum L.) es una planta que se cultivada en todo el mundo altamente apreciada por el valor comercial de sus bulbos. Sin embargo, su cultivo afronta desafíos significativos, como la infertilidad de las variedades de ajo comerciales y la acumulación de patógenos debido a la propagación vegetativa. En el primer artículo presentado en esta tesis, examinamos el estado actual de la Genética y Genómica del ajo, resaltando avances recientes que lo encaminan hacia su desarrollo como un cultivo moderno, incluida la restauración de fertilidad sexual en ciertas cepas. Los recursos genéticos de Allium sativum disponibles actualmente incluyen varias colecciones de marcadores moleculares, un ensamblaje del genoma a escala cromosómica, y múltiples ensamblajes de transcriptomas. Estas herramientas permiten profundizar en la comprensión de procesos moleculares subyacentes a rasgos de importancia como la infertilidad, la inducción de la floración y la formación de bulbos, las propiedades organolépticas y la resistencia a patógenos.

    En el segundo artículo, realizamos la secuenciación, ensamblaje de novo y anotación de los genomas mitocondrial y cloroplástico del ajo. Este trabajo nos permitió establecer que los genomas de los cloroplastos del ajo y la cebolla son muy similares, así como evaluar el efecto de la edición de sus transcritos y la organización de éstos en operones. Por otro lado, conseguimos identificar más genes codificantes en el genoma mitocondrial del ajo que en el de la cebolla. El genoma mitocondrial de ajo es compatible con la existencia de numerosas moléculas subgenómicas, que se originan mediante recombinación en secuencias específicas, lo que sugiere que su estructura es dinámica.

    En el tercer artículo, desarrollamos MAPtools, una aplicación de Python3 de código abierto diseñada específicamente para analizar datos genómicos obtenidos en experimentos de cartografía mediante secuenciación y de secuenciación de loci caracteres cuantitativos (QTL-seq). MAPtools proporciona a los usuarios una gran flexibilidad para personalizar su flujo de trabajo, calcular estadísticas basadas en el recuento de alelos, generar gráficos para identificar regiones candidatas y anotar los efectos de las mutaciones encontradas.