Los receptores de celulas NK CD94/NK2A y CD94/NKG2C reconocen especificamente HLA-E- La interacción de estos receptores con otras moléculas de HLA de clase Io de otros receptores inhibidores de células NK con HLA-E influyen en su interacción con CD94/NKG2A y CD94/NKG2C. Algunos péptidos a pesar de estabilizar la expresión de HLA-E no permiten su reconocimiento por dichos receptores de células NK.
El citomegalovirus humano parece haber desarrollado mecanismos de evasión de la respuesta mediada por células NK basados en la expresión de HLA-E.
La transfección de las proteínas virales US2 y US11 en una línea linfoblastoide B, disminuyen la expresión de moléculas de HLA de clase I pero dejan inalterada la de HLA-E. Esto determina que estas células permanezcan resistentes a clones NK CD94/NKG2A evadiendo así su actividad citotóxica.
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