El objetivo principal de la presente tesis consiste en avanzar en la resolución de los problemas epistemológicos derivados del empleo de terminología procedente de la teoría matemática de la comunicación y de las ciencias de la computación en biología molecular, a través de una redefinición de la analogía informacional aplicable a los diferentes mecanismos de expresión génica, concibiendo esta analogía como un modelo científico. Dicha redefinición habría de superar las limitaciones del modelo analógico convencional a la síntesis proteica y al Dogma de la biología molecular en su formulación original, incorporando otros procesos como la síntesis de ARN no codificantes o las modificaciones postraduccionales de las proteínas. Además, según el marco teórico propuesto, ha de ser coherente desde el punto de vista epistémico y evolutivo, siendo compatible con las teorías evolutivas vigentes y la hipótesis del Mundo de ARN. Con este fin, se parte de una hipótesis principal consistente en considerar que la cadena lineal de nucleótidos de los ácidos nucleicos (ADN y ARN), así como la cadena lineal de aminoácidos de una proteína, no contienen información, sino únicamente datos. Dicha hipótesis, a su vez, da lugar a una hipótesis secundaria, en la que se propone que solo es posible hablar de la existencia de información en la estructura tridimensional de las proteínas y de los ARN no codificantes. Ambas hipótesis requieren de una distinción clara de los términos dato e informaciónm, tarea que se desarrolla a lo largo de los dos primeros capítulos. Para ello, se revisa su etimología, así como su evolución semántica histórica. Finalmente se exponen, desde un enfoque crítico, la Definición General de Información, y la Definición Diafórica de Dato propuestas por el filósofo italiano Luciano Floridi, adoptando estas como referencia para avanzar en los objetivos propuestos. Así mismo, se estudia el uso de términos informacionales en biología evolutiva y genética clásica, abordando el origen de la analogía informacional concebida como un modelo científico y revisando las principales aproximaciones filosóficas a dicho modelo.
El planteamiento inicial de la tesis implica, a su vez, llevar a cabo una redefinición de las posibles analogías informacionales particulares de los distintos procesos e intermediarios biológicos que participan en los mecanismos de expresión génica. Con este fin, se caracteriza el concepto de dato en los ácidos nucleicos y los aminoácidos desde una perspectiva diafórica, concibiendo tales datos como entidades relacionales o relata. Posteriormente, se considera el papel de la molécula de ARN, tanto en el modelo analógico convencional como en la propuesta de redefinición, tratando cuestiones como la maduración del ARN, el papel que desempeñan los ARN no codificantes o la hipótesis del Mundo de ARN. Se prosigue analizando las dificultades que plantea la visión del mecanismo de traducción proteica como una decodificación, proponiendo considerarla como una recodificación e interpretando el código genético desde una perspectiva igualmente diafórica. Así mismo, se repasan los trabajos dedicados a la descripción de la estructura de las biomoléculas desde un enfoque morfosintáctico, proponiendo considerar al proceso de plegamiento como un mecanismo de adquisición de una estructura sintáctica composicional, en lo que constituiría un posible análogo de un proceso de decodificación. Adicionalmente, se describe la forma en que sería concebida tal sintaxis en las proteínas y los ARN no codificantes, y su relación con el significado biológico desde una perspectiva teleosemántica. Para finalizar, se tratan las modificaciones postraduccionales de las proteínas, valorando si estas pueden constituir realmente un código y exponiendo su posible encaje en la redefinición del modelo analógico informacional.
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