Estudio no dirigido de los cambios dinámicos en el transcriptoma del cáncer de recto tras el tratamiento quimiorradioterápico mediante la técnica SAGE

• Autores: Beatriz Castelo Fernández
• Directores de la Tesis: Manuel Gonzalez Barón (dir. tes.)
• Lectura: En la Universidad Autónoma de Madrid ( España ) en 2008
• Idioma: español
• Materias:
  • Antropología
    • Antropología cultural
      • Medicina tradicional
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• Resumen

  • ÍNDICE I. INTRODUCCIÓN 1 1. Aspectos generales 2 2. Patología molecular del cáncer colorrectal 3 2.1. Fundamentos biológicos del cáncer 3 2.2. Patogenia del cáncer colorrectal 5 3. Técnicas de estudio de perfiles genómicos 11 3.1. Métodos de bajo rendimiento 12 3.2. Métodos de alto rendimiento 12 3.3 Aplicación de los perfiles de expresión génica en cáncer colorrectal 15 4. Cáncer de recto. Aspectos clínicos 19 4.1. Epidemiología 19 4.2. Curso evolutivo 20 4.3. Diagnóstico y evolución de la enfermedad 20 4.4. Tratamiento del cáncer de recto 22 5. Determinantes pronósticos del cáncer colorrectal 30 5.1. Evaluación de datos clínicos 31 5.2. Evaluación de datos biológicos 34 5.3. Farmacogenética y evaluación de tratamientos 44 6. Mecanismos de resistencias terapéuticas 49 6.1. Mecanismos de muerte celular 50 6.2. Principales mecanismos de resistencias farmacológicas 54 6.3. Células madre tumorales y modelos de resistencias terapéuticas 63 6.4. Mecanismos de resistencias terapéuticas a Fluoropirimidinas 65 6.5. Mecanismos de resistencias terapéuticas a Irinotecán 68 6.6. Mecanismos de resistencias terapéuticas a Oxaliplatino 68 II. HIPÓTESIS DE TRABAJO Y OBJETIVOS 72 1. Hipótesis 73 2. Objetivos 74 III. MATERIAL Y MÉTODOS 75 1. Características clínico-patológicas de los pacientes 76 1.1. Características generales 76 1.2. Muestras clínicas 77 1.3. Recogida de muestras tumorales 79 2. Análisis en serie de la expresión génica (SAGE) 81 2.1. Homogenización del tejido y lisis celular 82 2.2. Aislamiento del ARNm 83 2.3. Síntesis del ADN de cadena sencilla (ADN copia o ADNc) 83 2.4. Síntesis del ADN de cadena doble 83 2.5. Digestión con la enzima NlaIII 84 2.6. Unión de los adaptadores (linkers) A y B 85 2.7. Digestión con BsmFI 85 2.8. Unión de los adaptadores 86 2.9. Reacción de PCR 87 2.10. Aislamiento de los ditag 88 2.11. Ligación de los ditag para formar el concatémero 89 2.12. Ligación del concatémero al vector pZERO (plásmido) 89 2.13. Secuenciación de los concatémeros 89 3. Análisis estadístico y selección de genes 90 IV. RESULTADOS 93 1. Características clínico-patológicas 94 2. Análisis de la expresión génica 95 3. Perfil génico significativo con expresión diferencial 102 3.1. Análisis funcional del perfil génico seleccionado 104 3.2. Variaciones intrapaciente del perfil génico seleccionado 105 3.3. Variaciones inter-paciente del perfil génico seleccionado 106 V. DISCUSIÓN 110 1. Planteamiento del estudio 111 2. Limitaciones metodológicas 112 2.1. Selección de pacientes con pobre respuesta terapéutica 112 2.2. Reducido número muestral 113 2.3. Universalidad de los resultados 113 2.4. Heterogeneidad de la muestra tumoral 114 2.5. La técnica 115 3. Evaluación de resultados 115 3.1. Cambios dinámicos del transcriptoma tras la QRT 116 3.2. Estado de activación de los genes seleccionados en nuestros pacientes 119 4. El futuro de la predicción del pronóstico y la respuesta a fármacos en CCR 131 VI. CONCLUSIONES 136 VII. BIBLIOGRAFÍA 139 VIII. ANEXO 165 IX. CLAVES DE LAS ABREVIATURAS 303