NMR as a tool to elucidate the rules that govern WW domain binding specificity and stability

• Autores: Ximena Ramírez-Espain Sotelo
• Directores de la Tesis: Mª Jesus Macías (dir. tes.)
• Lectura: En la Universidad Autónoma de Madrid ( España ) en 2007
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Ernest Giralt Lledó (presid.), Natalia Carulla (secret.), Maria C. Rivera (voc.), Juan Antonio Fernández Santarén (voc.), Mauricio García Mateu (voc.)
• Materias:
  • Química
    • Bioquímica
      • Biología molecular
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• Resumen

  • Esta tesis usa la resonancia magnetica nuclear para el estudio de motivos de union y estabilidad a temperatura de los dominios WW. Los dominios WW son dominios de proteinas de unos cuarenta aminoacidos que median interacciones proteina-proteina. Aunque pequenos, han evolucionado hasta tener la capacidad de reconocer diferentes tipos de ligandos de manera selectiva. Las dos clases de ligandos principales que son reconocidas por los dominios WW tienen un motivo de secuencia Pro-Pro-Xxx-Tyr (PPxY) o Pro-Pro-Xxx-Pro-Pro (PPxPP) y clasifican a los WW como de Grupo I y II, respectivamente.

    En los resultados, se usan una serie de estructuras de dominios WW en complejo con ligandos varios, para justificar que los dominios WW pueden unir de manera especifica a motivos que no cumplen todas las caracteristicas de las secuencias consenso hasta ahora descritas.

    En particular, se ha hecho un seguimiento de un dominio WW de Grupo I, el Rsp5WW1, para ver como reaccionan a peptidos con cuatro, dos, una y ninguna prolina. Ademas, se ha mirado el efecto sobre la union cuando se sustituye la tirosina tipica del motivo de Grupo I por fenilalanina. Finalmente, se ha estudiado el efecto de la fosforilacion en serina de unos ligandos fisiologicos para ver como se ve afectada la union.

    Con el dominio de Grupo II FBP28WW2 se ha caracterizado la union con un peptido PPxPP, pero tambien con unos peptidos con dos residuos interrumpiendo las prolinas (motivo PPxxPP). Despendiendo del numero de prolinas que hay antes de las posiciones variables, se han visto dos maneras distintas de acomodar el peptido, sin que esto sea a causa de unir el peptido en sentido contrario.

    Mas alla de esta investigacion sobre las propiedades de union de los dominios WW, se ha hecho un seguimiento sobre el efecto de la temperatura creciente en un motivo WW mutante, mas termoestable que el original sobre el que esta basado. La resonancia magnetica nuclear ha permitido ver la trayectoria de amidas con el cambio de am