Resumen de Tecnologías de secuenciación masiva y PCR digital en la detección de ADN tumoral procedente de tejido y plasma en pacientes de colon localizado
El cáncer de colon se sitúa como uno de los tumores más relevantes a nivel social, con una tasa de entre el 30 y 50% de recaídas tras la resección. Como herramienta de estudio en este tumor, la biopsia líquida se ha abierto paso en diferentes ámbitos, tales como la detección de la heterogeneidad tumoral o la enfermedad mínima residual (EMR). El fundamento de esta estrategia es detectar el ADN tumoral circulante (ctDNA), que se encuentra diluido en el ADN libre circulante (cfDNA), siendo necesario el uso de tecnologías aptas para la detección a frecuencias bajo el 1%.
La hipótesis de esta tesis se apoya en variantes somáticas para detectar el ctDNA y definir la heterogeneidad tumoral, la EMR y las variantes desarrolladas en la recaída, a la vez que se desarrollan los aspectos técnicos para esta detección. Para ello, se obtuvo tejido, sangre y plasma de 150 pacientes de cáncer de colon localizado seguidos a lo largo de 5 años. A partir de la secuenciación del tejido tumoral y de la eliminación de las variantes germinales, se establecieron variantes somáticas para la realización de ensayos personalizados. Para cada paciente se desarrollaron ensayos específicos de PCR digital para detección del tumor y la EMR en las diferentes muestras de plasma: diagnóstico, postoperatorio (6-8 semanas) y seguimientos. También se realizó una descripción de la heterogeneidad tumoral a través de la secuenciación del plasma al diagnóstico y de la enfermedad metastásica mediante la secuenciación de exoma del plasma de los pacientes que recayeron. Por otra parte, con un enfoque más tecnológico, se desarrolló una estrategia basada en reducción de ruido de fondo y otra en el uso de marcaje molecular, ambas por amplicones, para bajar el límite de detección al 0,1%. Todo esto pretende desarrollar la utilidad de la biopsia líquida en cáncer de colon en el contexto clínico y establecer metodologías que permitan un correcto estudio del ADN tumoral circulante.
