Estudi de la quasiespecies del virus de l'hepatitis b a través de seqüenciació massiva per a la identificació de dianes terapèutiques i factors pronòstics

• Autores: Marçal Yll Picó
• Directores de la Tesis: María Buti Ferret (dir. tes.), María Francesca Cortese (codir. tes.), Francisco Rodríguez Frías (codir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 2020
• Idioma: catalán
• ISBN: 9788449094408
• Tribunal Calificador de la Tesis: Albert Selva O'Callaghan (presid.), R. Ferrer (secret.), Sofía Pérez del Pulgar Gallart (voc.)
• Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Medicina por la Universidad Autónoma de Barcelona
• Materias:
  • Ciencias de la vida
    • Virología
      • Virus viscerotrópicos
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en: TDX
• Resumen

  • A pesar de tener una vacuna preventiva eficaz, el virus de la hepatitis B (VHB) es un grave problema de salud mundial debido a su elevada prevalencia (afecta a más de 250 millones de personas en todo el mundo) y a la morbilidad que deriva de su cronicidad, pues es el primer factor virológico de riesgo en el desarrollo de carcinoma hepatocelular (HCC). La proteína HBc (codificada por el gen HBC) es imprescindible para el virus. Se autoensambla formando la cápside viral y gracias a su amplia red de interacciones interviene en múltiples procesos del ciclo viral. Aunque el tratamiento disponible actualmente permite controlar la replicación viral, hoy en día no es posible erradicar la infección, por lo que se necesitan nuevas estrategias terapéuticas. Además, considerando la gravedad de la evolución clínica de la enfermedad, la identificación de factores virológicos que pudieran pronosticar la progresión del daño hepático sería de gran ayuda en el seguimiento de los pacientes. En este proyecto de tesis doctoral se ha analizado, a través de secuenciación masiva, la conservación y la complejidad de la quasiespecies (QS) del VHB en la región del gen HBC en pacientes con hepatitis crónica B en diferentes estados de la enfermedad hepática. Con ello se han querido detectar, tanto regiones hiperconservadas (independientemente del cuadro clínico o el genotipo viral de los pacientes) que pudieran servir de posibles dianas para nuevas estrategias terapéuticas y/o diagnósticas como diferencias en términos de conservación, mutaciones y complejidad de la QS entre los distintos cuadros clínicos analizados que pudieran servir de factores pronósticos del avance de la enfermedad.

    El genoma del VHB se extrajo a partir de muestras de suero de pacientes con hepatitis crónica por VHB en diferentes etapas clínicas de la enfermedad y la región HBC del genoma viral se amplificó, a través de un sistema de amplificación de tres pasos secuenciales, dividido en dos amplicones. Seguidamente estos se secuenciaron por Next Generation Sequencing (NGS) a través de la plataforma MiSeq Illumina. Una vez hecho el genotipado de la población viral, la presencia de mutaciones se detectó alineando las secuencias obtenidas para cada paciente con una secuencia consenso del genotipo correspondiente. La conservación de la QS, tanto global como por grupo, se analizó calculando el contenido de información. También se analizaron diversos indicadores de complejidad de la QS.

    Se detectaron regiones (tanto nucleotídicas como aminoacídicas) hiperconservadas independientemente del cuadro clínico y del genotipo viral cuya elevada conservación podría evidenciar su importancia funcional, por lo que podrían ser valiosas dianas de terapia y diagnosis. Además, se evidenciaron regiones conservadas específicamente en ciertos grupos clínicos, lo que sugiere un posible rol de estas regiones en la progresión de la enfermedad hepática. En los dos estudios realizados se detectó una sustitución aminoacídica (P79Q) en los pacientes con lesión tumoral (HCC). En estos mismos pacientes se detectó una elevada complejidad de la QS en la región de uno de los dos amplicones en los que se dividió el gen HBC. La elevada complejidad de la QS y la detección de la sustitución P79Q en los pacientes HCC podrían ser factores pronósticos de la transformación tumoral. Posteriores estudios serán necesarios para analizar con más profundidad la posible asociación entre estos factores y la lesión hepática.

    En resumen, los resultados obtenidos podrían servir como base para el desarrollo de estrategias panclínicas y pangenotípicas de tratamiento y diagnosis de la hepatitis crónica por VHB, así como para la identificación de factores pronósticos que puedan ayudar en el seguimiento de la enfermedad hepática.