Resumen de Uncovering novel vulnerabilities of melanoma cells based on rna regulation
RNA binding proteins (RBPs) are essential players in RNA metabolism and contribute to diseases, such as cancer. However, the number of RBPs with established roles in tumorigenesis is small, and their molecular mechanisms of action are poorly understood. To identify novel RBPs implicated in cancer and metastasis, we have performed an unbiased screen using mRNA interactome capture (RIC) on melanoma cell lines with increasing aggressiveness. We have identified ~600 RBPs that comprise the high-confidence melanoma RBPome. Cluster analysis revealed seven RBP groups with defined changes in RNA binding capacity across cell lines. Interestingly, for many RBPs we could not detect a concomitant change at the level of protein expression, suggesting that RNA binding activity is highly regulated during melanoma progression. To find out if the described clusters are informative on tumorigenic roles, we have functionally validated 34 RBPs by silencing them in five cellular assays that monitor the tumorigenic potential of cells. The results indicate that RIC reveals novel RBPs with roles in tumorigenesis, many of which could not have been identified using public database searches. As a proof-of-principle, we are investigating a previously uncharacterized RBP, PDIA6. We show its involvement in promoting tumoral traits through a new mechanism dependent on its RNA binding activity.
---------------------------------------- Les proteïnes d’unió a l’ARN (RBPs) tenen funcions essencials en el metabolisme de l’ARN i poden causar malalties com el càncer. Malgrat la seva importància, el nombre de RBPs amb funciones descrites és reduït i els mecanismes moleculars associats no estan ben establerts. Amb l’objectiu d’identificar RBPs implicades en càncer i metàstasi, hem dut a terme un cribatge d’aquestes en cèl·lules de melanoma amb diferents nivells d’agressivitat tumoral mitjançant la tècnica “RNA interactome capture” (RIC). Hem identificat unes ~600 RBPs que representen el conjunt de RBPs o “RBPome” en melanoma. Mitjançant l’anàlisi de clústers, hem identificat set grups que segueixen un patró d’unió a l’ARN distintiu. Interesantment, aquestes tendències no es veuen reflectides en els nivell d’expressió proteica totals, cosa que suggereix que l’activitat de les RBPs està regulada. Per elucidar si els clústers identificats poden informar sobre la capacitat tumoral de les RBPs, hem validat a nivell funcional 34 RBPs mitjançant silenciament genètic en un total de 5 assajos diferents. Els resultats indiquen que la tècnica RIC revela noves RBPs implicades en la funció tumoral que no s’han identificat prèviament en les bases de dades públiques. Com a exemple de les nostres observacions, estem investigant una RBP que no s’havia caracteritzat com a tal, PDIA6. En aquesta tesi ensenyem el seu paper en la regulació de propietats tumorals mitjançant un mecanisme depenent de la seva activitat d’unió a l’ARN.
