Estudi de la quasiespecies del virus de l'hepatitis delta: anàlisi de la regió de l'antigen delta i de la ribozima
- Autores: Sara Sopena Santisteve
- Directores de la Tesis: María Buti Ferret (dir. tes.), David Tabernero Caellas (codir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 2020
- Idioma: español
- ISBN: 9788449097294
- Tribunal Calificador de la Tesis: Víctor Vargas Blasco (presid.), Andrea Caballero Garralda (secret.), Gloria M. González (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Medicina por la Universidad Autónoma de Barcelona
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
El virus de la hepatitis delta (VHD) es un virus de ARN que requiere del antígeno de superficie del virus de la hepatitis B (HBsAg) para completar su ciclo replicativo. Este virus es el agente etiológico de la hepatitis delta, la forma más grave de hepatitis viral en humanos, que se estima que afecta un total de 15 a 20 millones de personas en todo el mundo. El genoma del VHD es una molécula de ARN de una sola hebra, circular, de alrededor de 1700 nucleótidos y de polaridad negativa. Este genoma codifica tan solo una proteína, el antígeno delta (HDAg), que tiene dos isoformas (la larga y la corta) generadas gracias a una modificación postranscripcional (desaminación) durante la replicación viral, que cambia el codón 196 de stop (TAG) al aminoácido W (TGG). Este proceso también se conoce como edición y está catalizado por la adenosina desaminasa que actúa sobre ARN 1 (ADAR-1). Además el genoma contiene un dominio con actividad enzimática capaz de procesar al propio genoma (autoescisión), esencial para la replicación viral, la ribozima. El objetivo principal de esta tesis ha sido estudiar la quasiespecies del VHD mediante secuenciación masiva (NGS), analizando la conservación o variabilidad de las regiones funcionales del virus, correspondientes al HDAg (cuantificando su edición) y a la ribozima.
En el primer estudio se incluyó una muestra de plasma de 4 pacientes con hepatitis crónica delta, para validar la cuantificación de porcentajes de poblaciones de genomas editados y no editados por NGS, comparándola con el método de secuenciación Sanger de los productos de clonación. Además, se estudió la precisión y sensibilidad de la NGS, utilizando mezclas de diferentes proporciones de productos de clonación editados y no editados, y se observaron los patrones de cambios nucleotídicos para analizar si la edición es un fenómeno general que tiene lugar en toda la región codificante del HDAg analizada. Por otro lado, en el segundo estudio se incluyeron 36 muestras de plasma de 12 pacientes con hepatitis crónica delta y se analizó el grado de conservación o variabilidad de la quasiespecies en las regiones analizadas del HDAg y de la ribozima. Además se determinó la existencia de patrones de mutaciones a nivel aminoacídico en el HDAg.
Mediante los resultados obtenidos se ha demostrado que la NGS es un método útil para detectar proporciones de genomas del VHD editados y no editados, más sensible y preciso que la secuenciación Sanger de los productos de clonación. También se ha observado que el fenómeno de edición en la región codificante del HDAg podría no ser exclusivo de la posición de edición. Además, los resultados mostraron que la región del HDAg es variable y que los patrones de mutaciones aminoacídicas generalmente podrían estar relacionados con el escape al sistema inmunitario, posiblemente sin afectar significativamente la funcionalidad de las regiones del HDAg donde se encuentran. Por último, se ha observado que la región de la ribozima contiene un elevado nivel de conservación en su secuencia nucleotídica.
