Prediction of protein and nucleic acid interactions

• Autores: Davide Cirillo
• Directores de la Tesis: Gian Tartaglia (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2016
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Alessandro Quattrone (presid.), Lucas Carey (secret.), Ulf Andersson Ørom (voc.)
• Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biomedicina por la Universidad Pompeu Fabra
• Materias:
  • Matemáticas
    • Estadística
      • Técnicas de predicción estadística
  • Química
    • Bioquímica
      • Ácidos nucleicos
      • Proteínas
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• Resumen

  • Mis estudios de doctorado han tenido como propósito principal el desarrollo de herramientas bioinformáticas para la evaluación de interacciones entre proteínas y ácidos nucleicos (ANs) de forma cuantitativa. Por consiguiente, esta tesis apunta a proporcionar conocimientos sobre características moleculares y mecanismos de asociación proteína-AN aún relativamente desconocidos; concretamente, la asociación de proteínas a ARNs y ARNs no codificantes, a la vez que factores de transcripción y elementos de regulación del ADN. En este proyecto presento dos algoritmos: catRAPID omics express y PAnDA, cuyas finalidades son las de predecir interacciones proteína-ARN y proteína-ADN respectivamente. Dichos métodos computacionales ofrecen la posibilidad de abordar problemas experimentales, así como de guiar el diseño y procedimiento de nuevas estrategias para su resolución.