Resumen de Análisis Bioinformático de Metagenomas de Virus Polares.
Los virus son las entidades biológicas más abundantes en la tierra y juegan un papel i mportante como reguladores de las comunidades microbianas. Sin embargo, el conocimiento a ctual sobre ellos es aún escaso, especialmente sobre sus mecanismos de adaptación y e volución. Hemos estudiado la diversidad y variabilidad genética de virus ssDNA circulares d e pequeño tamaño y varias familias de virus RNA en lagos de agua dulce en la Antártida y el Ártico, áreas aisladas con baja infiuencia antropogénica y zoogénica.
S e ha desarrollado un protocolo para la identificación de genomas con topología circular, q ue requiere que el genoma esté completo en el ensamblaje. Los resultados de esta i dentificación se validaron mediante la búsqueda de lecturas que cubrieran la zona de u nión. Todos los contigs, tanto aquellos con topología circular o los lineales de RNA, fueron filtrados estrictamente para eliminar cualquier posibilidad de contaminación con contigs c elulares o de DNA en las muestras de RNA.
Tras ello, los genomas virales se agruparon en función de la homología de secuencia utilizando el programa MCL. Para las muestras de DNA, se formaron 112 clusters, pero s ólo 20 de ellos se agruparon con secuencias conocidas previamente descritas, y para las m uestras de RNA se agruparon en 66 grupos, 17 de ellos con virus conocidos. Entre estos grupos, 92 y 49 de ellos (respectivamente) no estaban relacionados con ninguna familia c onocida, lo que podría representar nuevas familias no descritas previamente, algunas ellas cuyo potencial hospedador podrían ser bacterias L a variabilidad genética se midió utilizando diferentes parámetros, incluyendo la s ecuenciación de amplicones. En promedio no encontramos diferencias entre grupos, a unque los virus RNA parecen ser más variables, sin embargo, hemos detectado varios virus s sDNA con grados muy elevados de variabilidad lo que sugiere que estos virus presentan u n comportamiento similar a los virus RNA, formando cuasiespecies para adaptarse a los c ambios recurrentes en estos ambientes tan extremos
