Taxonomía, bases de la resistencia y epidemiología molecular del complejo mycobacterium abscessus
- Autores: Marc Rubio Bueno
- Directores de la Tesis: Pedro Coll Figa (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 2019
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Julià González Martin (presid.), Mercè Gurguí Ferrer (secret.), Sonia Borrell Farnov (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Microbiología por la Universidad Autónoma de Barcelona
- Materias:
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- Tesis en acceso abierto en: TESEO
- Resumen
Mycobacterium abscessus es un patógeno oportunista emergente perteneciente al grupo de las micobacterias no tuberculosas de crecimiento rápido. El complejo M. abscessus está formado por tres subespecies: M. abscessus subsp. abscessus, M. abscessus subsp. massiliense y M. abscessus subsp. bolletii.
M. abscessus causa infecciones cutáneas e infecciones pulmonares crónicas en pacientes con factores predisponentes.
M. abscessus es resistente a la mayoría de antibióticos. La correcta identificación a nivel de subespecie es imprescindible para optimizar la pauta terapéutica, al existir diferencias en la resistencia antibiótica entre las tres subepecies. Los macrólidos (claritromicina), constituyen la base del tratamiento. La resistencia a los macrólidos, depende en su mayoría de un gen erm(41) funcional (polimorfismo 28T) presente en la mayoría de las cepas de la subespecie abscessus y en todas las cepas de la subespecie bolletii. La subespecie massiliense presenta un gen erm(41) truncado no funcional.
M. abscessus, igual que las demás MNT, tiene un reservorio ambiental des del que infecta al huésped susceptible. El reservorio ambiental de M. abscessus no es conocido con precisión. Se ha descrito la existencia de clones de M. abscessus predominantes en las muestras clínicas de pacientes a nivel mundial. El hecho de que se observen clones predominantes puede deberse a su presencia universal en el ambiente y a que estos clones se seleccionan por su capacidad para infectar al hombre. Se ha propuesto la transmisión interhumana como mecanismo de difusión. El estudio de epidemiología molecular del complejo M. abscessus es importante para poder establecer como se difunde.
Hemos estudiado 36 cepas de 33 pacientes de tres hospitales de Barcelona aisladas en un período de 20 años. Para la identificación a nivel de subespecie hemos utilizado el consenso de homología de cuatro genes estructurales; la espectrometría de masas Maldi-ToF; y la secuenciación masiva. Para estudiar la resistencia antibiótica, hemos calculado las CMIs de los fármacos mediante microdilución y E-test. Para los mecanismos moleculares asociados a las resistencia hemos estudiado los genes rrl, erm(41), rrs, MAB_3168c, rpsL, gyrA, gyrB, rplC, rplD y rplV. Para estudiar la epidemiología del complejo hemos utilizado el análisis por VNTR, por MLST y por WGS.
Nuestros resultados muestran que actualmente el Maldi-Tof no es capaz de identificar M. abscessus a nivel de subespecie. Por el contrario, la secuenciación de cuatro genes estructurales permite la identificación a nivel de subespecie.
EL E-test da resultados menos reproducibles y CMIs más elevadas que la microdilución. Los resultados del estudio de resistencia muestran todas las cepas sensibles a tigeciclina y la mayoría sensibles a los aminoglucósidos, pero mayormente resistentes a los demás antibióticos. Las bases moleculares de la resistencia a los macrólidos se encuentran en la presencia de un gen erm(41) funcional o en la selección de mutaciones en las posiciones 2057, 2058 o 2059 del gen rrl. La mutación A1408G en el gen rrs se corresponde con resistencia a los aminoglucósidos. No hemos encontrado las mutaciones descritas como responsables de resistencia a quinolonas y linezolid.
La capacidad discriminativa del VNTR es de 0,045, del MLST de 0,145, y del WGS de 0,034. Hemos observado la existencia de clones predominantes a nivel global. Las agrupaciones moleculares deben ser verificadas mediante la epidemiología de campo. Los clusters detectados incluyen pacientes no relacionados epidemiológicamente. En función de nuestros resultados, la transmisión interhumana tendría un papel anecdótico en la transmisión de M. abscessus. La infección se adquiriría de forma independiente a partir de clones predominantes presentes en el ambiente, explicando la existencia de agrupaciones.
El estudio de varias cepas del mismo enfermo espaciadas en el tiempo muestra que se trata de una infección crónica (mismo clon) y no reinfecciones por clones distintos.
