Resumen de Estudios teóricos y computacionales de la enzima glutamato racemasa: enfoques globales y atomísticos que explican su actividad y comportamiento
Actualmente los estudios computacionales y teóricos de los sistemas enzimáticos nos permiten saber, entre otras cosas, de qué manera una enzima se comporta en un medio dado. De igual forma nos ayudan a entender y explicar su mecanismo de catálisis. Todo lo anterior, junto con otros estudios experimentales, nos puede dar suficiente información para el desarrollo de nuevos fármacos.
Este trabajo de tesis fue enfocado a la estructura, comportamiento y catálisis de un potencial blanco farmacológico, la enzima glutamato racemasa de Helocobacter pylori. Esta bacteria es causante de varias patologías gástricas, incluido el cáncer de estómago y actualmente representa un grave problema de salud pública mundial.
Las simulaciones de dinámica molecular demuestran que el sitio activo, dependiendo de la presencia o no del sustrato, forma una red de puentes de hidrógeno que permitirá la identificación del mismo por la enzima. Los resultados de PCA de las simulaciones de dinámica molecular muestran que esta enzima presenta diferentes desplazamientos atómicos la enzima libre que cuando está complejada con su sustrato.
A partir de varias estructuras provenientes de una simulación de dinámica molecular de esta enzima, se calcularon los perfiles de energía potencial de todos los pasos catalíticos de la racemización de D-Glu a L-Glu utilizando un potencial híbrido QM/MM.
Este trabajo es, hasta la fecha, el primer estudio computacional realizado con esta enzima.
