Organic amendments in avocado crop: influence on soil microbiota and implications for the suppression of rosellinia necatrix

• Autores: Nuria Bonilla Ruiz
• Directores de la Tesis: Antonio de Vicente Moreno (dir. tes.), Francisco Manuel Cazorla López (codir. tes.)
• Lectura: En la Universidad de Málaga ( España ) en 2012
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Pablo Rodríguez (presid.), Alejandro Pérez García (secret.), Kornelia Smalla (voc.), Nuria Gaju (voc.), Rodrigo Silva da Costa (voc.)
• Materias:
  • Ciencias de la vida
    • Microbiología
      • Bacteriología
  • Ciencias agrarias
    • Fitopatología
      • Bacterias
• Texto completo no disponible (Saber más ...)
• Resumen

  • La aplicación de enmiendas orgánicas es una práctica agrícola muy extendida en el cultivo del aguacate. La materia orgánica aplicada a pie de árbol contribuye al mantenimiento de los suelos de cultivo y a la salud general de la planta. En esta tesis doctoral se ha estudiado el efecto que diversas enmiendas orgánicas ejercen sobre la microbiota del suelo de cultivo de aguacate y cómo estas enmiendas pueden modificar el crecimiento y el estado fitosanitario de este cultivo. El estudio de diversas fincas de aguacate, experimentales y comerciales, donde se utiliza desde hace más de 10 años la aplicación de diferentes enmiendas orgánicas, indicó que el tipo de suelo o la historia de cada finca es un factor determinante de la composición de la microbiota del suelo. Sin embargo la utilización de fincas experimentales permitió analizar el efecto directo de las enmiendas en el suelo. Los métodos dependientes de cultivo permitieron identificar a las enmiendas con efectos más evidentes, principalmente el compost comercial de origen animal. Sin embargo la técnica independiente de cultivo PCR-DGCE fue la más resolutiva ya que permitió determinar que todas la enmiendas incluidas en el estudio afectan a la composición de la microbiota en la capa superficial del suelo. La realización de ensayos de invernadero permitió comparar el mismo suelo tratado con distintas enmiendas y además la inoculación artificial del hongo patógeno de aguacate Rosellinia necatriz, agente causal de la podredumbre blanca radicular. Se realizaron dos ensayos de un año de duración cada uno en el que plantas de dos años de aguacate se dispusieron en macetas cubiertas con las distintas enmiendas orgánicas. Tras 6 meses para la maduración de la enmienda y el crecimiento de la planta en contacto con ella, se realizó la inoculación de R. necatrix y se monitorizó el progreso de la podredumbre blanca a través de los síntomas aéreos de la enfermedad. Al final del ensayo, se tomaron muestras de suelo y la raíz de las plantas no inoculadas, para analizar el efecto de las enmiendas sobre la microbiota del suelo y la rizosfera. Todas las enmiendas organicas fueron capaces de reducir los síntomas de podredumbre blanca, con evidentes diferencias entre tratamientos y también entre ensayos debido a la alta variabilidad en los materiales y el proceso de compostaje. Además algunas enmiendas favorecieron el crecimiento de las plantas de aguacate. Los suelos modificados utilizados en los ensayos de supresividad se analizaron y compararon en base a sus características físico-químicas, microbiológicas y enzimáticas para determinar los cambios producidos por las enmiendas y su posible relación con el efecto supresivo o en crecimiento. Los recuentos de microorganismos cultivables mostraron mayores niveles poblacionales de bacterias heterótrofas, pseudomonas, bacterias aerobias esporuladas y de actinomicetes en varios de los tratamientos, especialmente en los que contenían gallinaza mezclada con otras enmiendas o restos de jardinería compostados. Los perfiles obtenidos mediante PRC-DGCE mostraron variaciones tanto en la complejidad como en la composición de las comunidades bacterianas de suelo y rizosfera dependiendo del tratamiento orgánico aplicado. Sin embargo, cambios más pronunciados en los niveles poblacionales, la diversidad o la composición de la microbiota no se relacionaron directamente con un mayor efecto supresivo. El análisis mediante Biolog Ecoplates TM reveló una clara influencia de las enmiendas en los perfiles fisiológicos de los suelos y la rizosfera. Muchos de estos cambios fueron independientes de los cambios estrictamente estructurales detectados por la PCR-DGCE. Se analizaron 19 actividades hidrolíticas en suelo y rizosfera mediante el sistema APLI-ZYM. Los resultados mostraron una estimulación general de la actividad hidrolítica en los suelos modificados con enmiendas orgánicas. Algunas de las enzimas afectadas están relacionadas con la degradación de quitina y por lo tanto podrían estar particularmente implicadas en la capacidad de estos suelos para controlar al hongo R. necatrix. Los resultados obtenidos en este estudio sugieren que el efecto supresivo de las enmiendas no está relacionado con cambios masivos en las comunidades microbianas de los suelos, y que es más probable que el efecto se deba a cambios puntuales en poblaciones microbianas clave o bien en las actividades enzimáticas llevadas a cabo por la comunidad microbiana.