Aplicaciones de dinámica molecular para el descubrimiento de fármacos y transferencia tecnológica a plataformas web
- Autores: Gerard Martinez
- Directores de la Tesis: Gianni De Fabritiis (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2017
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Jordi Mestres López (presid.), Xavier Barril Alonso (secret.), Manuel Pastor Maeso (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biomedicina por la Universidad Pompeu Fabra
- Materias:
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- Resumen
La simulación de dinámica molecular (MD) de alto rendimiento es una valiosa herramienta para estudiar las interacciones proteina-ligand con resolución atómica. En esta tesis doctoral, la hemos aplicado al campo del desarrollo de fármacos mediante (1) la ejecución del primer cribado de más de 150 fragmentos contra la quimiocina CXCL12 utilizando exclusivamente dinámica molecular con un total de 8.2ms de tiempo de simulación, (2) el desarrollo de una aplicación web para encontrar cavidades de unión crípticas usando simulaciones de proteina en un solvente mixto de de agua y benzeno y (3) el estudio de la base molecular de la selectividad funcional realizando 500 microsegundos del receptor mu-opioide unido a dos fármacos diferentes. Además, hemos desarrollado una plataforma web llamada PlayMolecule, donde hemos compartido con la comunidad científica algunas de las aplicaciones desarrolladas durante esta tesis, incluyendo una aplicación para preparar proteinas antes de ejecutar simulaciones moleculares.
