Design and development of a bioinformatic platform for the semantic integration of `omics¿data
- Autores: Jaume Mercadé Reca
- Directores de la Tesis: Tamara Maes (dir. tes.), Antonio Espinosa Morales (codir. tes.), Carlos Julián Ciudad i Gómez (tut. tes.)
- Lectura: En la Universitat de Barcelona ( España ) en 2009
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Joan Cerdà (presid.), Daniel Silberschmidt (secret.), Josep Lluís Arcos Rosell (voc.)
- Materias:
- Texto completo no disponible (Saber más ...)
- Resumen
En aquest treball es descriu un aplicació informàtica flexible, dissenyada per poder fer exploració semàntica de dades biològiques experimentals de tipus heterogenis. L'aplicació consisteix en un servidor, que conté una base de dades amb anotacions, i en un o diversos clients remots. Els clients contenen una base de dades d'experiments, una ontologia descrivint un organisme, i un atles corresponent d'imatges per representar visualment l'organisme. Les dades experimentals contingudes per l'aplicació poden ser interrogades fent servir conceptes semàntics descrits a l'ontologia pel propis usuaris. La distribució de les bases de dades permet que cada client comparteixi o tingui diversos ontologies amb les seves dades corresponents, sense afectar a la resta de clients.
L'aplicació és capaç de treballar amb dades de transcriptòmica i proteomica i, basant-se en la ontologia, pot ser adaptada per integrar qualsevol altre tipus de dada biològica. Fent servir l'aplicació, tant investigadors experts com novells en un domini de coneixement (un organisme), poden construir el seu propi model semàntic d'integració.
Això és una millora respecte la majoria d'eines actuals que es basen en la semàntica ja que a diferència de la nostra aplicació aquestes forcen l'ús d'ontologies immutables per mapar les dades, obligant a fer un remapat complet de les dades quan el model canvia.
Les eines de visualització de l'aplicació permet que conjunts grans de dades puguin ser cercats i interrogats fent servir tant les fotografies originals i les representacions construïdes amb l'atles. Les representacions són jeràrquiques, definides per l'usuari fent servir imatges en format jpeg, i permet anotar qualsevol experiment. L'aplicació proporciona un entorn pel cicle sencer de les dades experimentals: integració, exploració i anàlisi que pot suggerir nous experiments, modificació del model d'integració per permetre la introducció de noves dades, i altre vegada tornada al principi amb la inserció de noves dades.
L'aplicació es pot adaptar fàcilment per treballar amb dades tant d'organismes amb el genoma totalment seqüenciat com d'organismes amb seqüència genòmica desconeguda. En aquest segon cas hem fet servir una colecció d'ESTs com a base de dades que permet anotar les sondes dels experiments, provant així la flexibilitat d'aquesta aplicació bioinformàtica.
