El polimorfimso estructural de las secuencias d(ga.Tc)n: aislamiento, caracterización e identificacion de proteinas de interacción especifica con la cadena d(tc)n
- Autores: Ivan Garcia-Bassets
- Directores de la Tesis: Ferran Azorín Marín (dir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Autònoma de Barcelona ( España ) en 1999
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Montserrat Pages Torrens (presid.), Carmen Martínez Mª (secret.), Ramón Daban Joan (voc.), Benjamí Piña Capó (voc.), Francesc Villarroya Gombau (voc.)
- Materias:
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- Resumen
Las secuencias alternantes del DNA del tipo d(GA.TC)n son secuencias polimorficas de repeticiones homopurina homopirimidina. Este tipo de secuencia es relativamente abundante en genomas de organismos ecucariotas superiores y se localiza en regiones genomicas especialmente relevantes funcionalmente.
De entre las formas polimórficas que adoptan in vitro, destacan las formas tricatenarias, y en especial a pH neutro la del tipo purina.purina.pirimidina[GA(GA.TC)] o *H-DNA, que se forma en presencia de ciertos iones de metales de transicion, como el cinc, el manganeso, el cadmio o el cobalto. Curiosamente además, este tipo de secuencias in vivo se localizan en regiones genomicas que son especialmente sensibles al ataque de reactivos y enzimas especificos de formas no-B-DNA.
Para determinar la existencia de estos confomeros in vivo, nos hemos centrado en la cadena pirimidinica d(TC)n que es el principal elemento desestabilizador del confórmero *H-DNA. Esta y debido a su alta tendencia a hibridar con la cadena complementaria de purinas d(GA)n ypor consiguiente desmontar la estructura tricatenaria,problamente in vivo sea diana para ser unida por proteinas especificas que la estabilice. A estas proteinas las hemos llamado NOGA.
En un extracto nuclear de células Friend de ratón hay cinco actividades principales de union a un oligonucleótido de secuencia d(TC)20. Estas actividades fueron aisladas, caracterizadas e identificadas como NOGA1/hnRNP L, NOGA2/hnRNP K y NOGA3/hnRNP I. Entre las tres tuvieron unas actividades electroforéticamente iguales a las cinco detectadas en el extracto nuclear inicial. De estas tres, la proteina claramente mas desconocida es NOGA1/hnRNP L. Su grado de especificidad por unir secuencias del tipo d(TC)n fue estudiado y demostró su también preferencia de union por secuencias del tipo d(CA)n y d(C)n ademas de por las d(TC)n. Su capacidad para unirse in vivo a secuencias d(GA.TC)n fue analizada mediante el ensay
