Resumen de Estructura tridimensional del dominio receptor del factor de transcripción PhoB
Para ampliar el estudio de proteínas transductoras de señal de dos componentes iniciado en el laboratorio y, a la vez, mantenernos en el marco de las proteínas que interactúan con el DNA, escogimos el factor de transcripción PhoB, que es una proteína bacteriana reguladora de respuesta.
Así, se decidió amplificar y clonar el segmento de DNA del gen phoB correspondiente al dominio receptor del fosfato (residuos del 1 al 125), expresar este dominio y, posteriormente, purificarlo en grado suficiente para facilitar la futura obtención de cristales. Más tarde se buscarían condiciones de cristalización para obtener cristales de calidad suficiente para su ulterior difracción empleando rayos X. Con los datos de difracción se determinaría la estructura tridimensional de la proteína, la cual posteriormente, se afinaría, verificaría y, finalmente, se interpretaría la estructura cristalográfica. Se lograron los objetivos planteados, consiguiéndose cristales nativos y cristales derivados con un átomo de oro. Con éstos últimos se realizó un experimento de difracción anómala a múltiples longitudes de onda, que sirvió para obtener unas fases iniciales y calcular un mapa de densidad electrónica, con el que se trazó el modelo. Mediante remplazamiento molecular usando este modelo se resolvieron los datos de difracción del cristal nativo (que llegan hasta 1.9 A de resolución), cuya estructura se afinó y verificó.
La determinación de la estructura tridimensional del dominio receptor del fosfato revela un plegamiento de doble vuelta (AlfaBeta)5. En el centro activo se conserva la interacción electrostática entre los aminoácidos esenciales Asp53-Lys105 y Glu-9-Lys105.
El área más flexible es la zona Beta4-Alfa4-Beta5Alfa5, característica de los dominios receptores de las reguladoras de respuesta, aunque a diferencia de éstos se produce, en PhoB, el desplazamiento de la hélice Alfa4 a lo largo de la secuencia
