Resumen de Utilizacio i desenvolupament metodologic d'eines basades en la dinamica molecular aplciades a l'estudi
El estudio presentado utiliza los metodos de la dinámica molecular para la caracterizacion del espacio conformacional de peptidos y propone cambios en el tratamiento de la información que se obtiene.
Las metodologias utilizadas son trayectorias de dinámica molecular y su implementación en el templado simulado iterativo (iterative simulated annealing) para la exploración del espacio conformacional, metodos de analisis estadistico no parametrico y tecnicas de analisis multivariante de clasificacion jerarquica.
El método de las perturbaciones (FEP window-grouth) de la dinámica molecular se utiliza para el cálculo de la energia libre relativa de solvatación.
En el estudio se tratan cinco sistemas diferentes:
a) La Mentencefalina, sobre la cual se realizan tres estudios independientes:
a.1)iterative simulated annealing a.2)generacion aleatoria de estructuras a.3)trayectoria de dinamica molecular.
En el simulated annealing se proponen cambios en el tratamiento de la informacion obtenida (control y criterio de completitud, graficos de accesibilidad) y una nueva forma de realizar el analisis de clusters o conglomerados (single-link automatizado). La comparación con los resultados del proceso aleatorio y de la trayectoria de dinamica molecular permiten establecer la bondad de las modificaciones efectuadas y validar, de forma general, el simulated annealing como metodo.
B) Los péptidos de secuencia FWRGDLVFDFQV(12 residuos) y AVYYCTRGYHSSLY (15 residuos). El primero corresponde aun fragmento de la proteina VP3 de la capside del virus de la hepatitis A y el segundo a un fragmento de la zona variable de la cadena pesada del anti-idiotipo que imita el epitopo del determinante a del antigeno de superficie del virus de la hepatitis B. Sobre los dos se realiza una exploracion del espacio conformacional de baja energia con la tecnica del iterative simulated annealing y se comparan los resultados del analisis del cluster tradic
