La carnitina octanoiltransferasa (COT) es la enzima responsable de la exportación de aciles-CoA del peroxisoma al citoplasma, ejerciendo así un papel importante en la regulación de la oxidación peroxisomal de ácidos grasos. El gen COT en rata es de copia única sin embargo da lugar a la formación de tres transcritos maduros. El procesamiento de los pre-mRNAs de COT tiene lugar, de forma natural, por cis y por trans-splicing. El transcrito más ligero se produce por cis-splicing y presenta la organización exónica ya descrita. Los otros dos transcritos de mayor tamaño son producto de una reacción de trans-splicing y contienen, respectivamente, el exón 2 y los exones 2 y 3 repetidos. Esto permite la posible formación de nuevas proteinas COT. El procesamiento de los pre-mRNAs de COT de rata por trans-splicing puede ser explicado por la presencia de secuencias exónicas (cajas ESE) en el exón 2 que le convierten en un buen dador de splicing in vivo e in vitro. Este proceso de trans-splicing observado en la rata no ha sido detectado en otros mamíferos analizados. La causa de este hecho radica en la secuencia de nucleótidos de una de las cajas ESE conservada en todas las especies analizadas a excepción de la rata. Estudios de microinyección de pre-mRNAs truncados en núcleo de células en cultivo, demuestran la capacidad del exón 2 de COT para dar trans-splicing con otros genes distintos de la COT permitiendo así la generación de nuevas proteínas.
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