La diversidad dentro de especies es clave desde el punto de vista ecológico y evolutivo y, además, para la conservación. El principal objetivo de esta tesis es estudiar la historia evolutiva de dos mamíferos ibéricos: el Desmán de los Pirineos (Galemys pyrenaicus) y el Musgaño de Cabrera (Neomys anomalus). Para ello, se han utilizado diversas metodologías, entre ellas genómica, filogeografía y modelos de distribución de especies, a lo largo de los tres capítulos que conforman esta tesis. En el capítulo 1, se busca estudiar la estructura genética del desmán usando marcadores genómicos. Para ello, se optimizó un protocolo de reducción genómica (ddRADSeq) y se realizaron análisis genómicos con los datos resultantes de la librería. Los resultados revelaron una heterozigosidad extremadamente baja y cinco clados como unidades evolutivas. Estos resultados tienen repercusión en la conservación de la especie. En el capítulo 2, se estudia la estructura genética y los patrones de dispersión del desmán. Los resultados sugieren que los desmanes no estuvieron completamente aislados en las cuencas de los ríos y se dispersaron por tierra para realizar desplazamientos largos. Por el contrario, para desplazamientos cortos, los resultados sugieren que se pudieron desplazar tanto por el río como por tierra. Finalmente, en el capítulo 3, se estudia la filogeografía e historia evolutiva del Musgaño de Cabrera y se ha descubierto una estructura genética dividida en dos clados correlacionados con la estructura geográfica. Además, los resultados sugieren la existencia de refugios glaciares y una compleja historia postglacial.
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