Functional impact of alternative splicing on vertebrate proteomes across tissues and cell types

• Autores: Javier Tapial Rodríguez
• Directores de la Tesis: Manuel Irimia (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2018
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Nuno Luis Barbosa Morais (presid.), Eduardo Eyras Jimenez (secret.), Estefanía Mancini (voc.)
• Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biomedicina por la Universidad Pompeu Fabra
• Materias:
  • Ciencias de la vida
    • Biología animal (zoología)
      • Genética animal
    • Biología molecular
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en: TDX
• Resumen

  • El corte y empalme alternativo del ARN (CEAA) es un mecanismo post-transcripcional de regulación de la expresión génica que afecta a un alto porcentaje de genes en mamíferos. Sin embargo, la magnitud del efecto del CEAA a nivel proteómico permanece todavía en debate. En esta tesis se explora el efecto del CEAA en un panel de más de 300 muestras públicas de experimentos de secuenciación masiva de ARN, correspondientes a diversos tejidos, tipos celulares y etapas del desarrollo de humano, ratón y pollo. Nuestros resultados confirman la presencia de importantes programas de CEAA en tejidos neurales, musculares, en testículo y en células pluripotentes. Además, hemos identificado módulos adicionales de exones co-regulados en riñón, hígado, tejido adiposo y células del sistema inmune, mediante la aplicación de métodos de análisis de grafos. Por otra parte, describimos un conjunto de exones regulados por CEAA en la práctica totalidad de las muestras analizadas. Estos exones se localizan preferentemente en genes relacionados con procesos de regulación de la expresión génica, donde podrían actuar mediante su traducción a isoformas proteicas coexistentes a nivel celular.