Resumen de Avances metodológicos en la simulación de procesos enzimáticos con métodos híbridos qm/mm. Aplicación a la chalcona isomerasa y 4-oxalocrotonato tautomerasa
Esta tesis expone el trabajo que he realizado durante el período de formación como estudiante pre-doctoral, con el objetivo de obtener el grado de doctor. Consta de dos secciones claramente diferenciadas. Una primera parte metodológica, en la que se han desarrollado aspectos de mejora y avance, y en el que se incluye una recopilación de los diferentes métodos que se emplean hoy día en la especialidad de química teórica y computacional, tratando de mostrar los principales problemas y soluciones que aparecen cuando se desea lograr una descripción, cada vez más exacta, de sistemas químicos que, a su vez, son cada vez más complejos. Y otra parte de aplicación, en la que se han llevado a cabo sendos estudios sobre diferentes sistemas enzimáticos, en particular la Chalcona Isomerasa (CHI) y la 4-Oxalocrotonato Tautomerasa (4-OT), a los que se les han aplicado las diferentes mejores metodológicas expuestas en la primera parte.
En el primer capítulo se presenta una breve introducción a la Química Teórica y Computacional desde el nacimiento de la disciplina, analizando su evolución científica hasta el momento actual, en el que es capaz de estudiar sistemas modelo cada vez más cercanos a los encontrados en la naturaleza.
En el segundo capítulo se lleva a cabo una exposición de los fundamentos conceptuales de la Química Teórica. No es posible abarcar los pormenores de todos los métodos que se emplean, pero sí se tratará de mostrar los fundamentos de los utilizados en esta Tesis Doctoral. En este segundo capítulo dedicamos una primera parte a describir los métodos empleados en Química Cuántica, otra parte a describir los métodos de la Mecánica Molecular y una última parte, más extensa, a los métodos híbridos, que combinan la Mecánica Molecular, haciendo especial hincapié en sus virtudes y limitaciones, ya que éste es el campo de actuación de esta tesis.
En el tercer capítulo se especifican los objetivos que se plantean en la
