Resumen de Algorithms and data management for knowledge discovery in functional genomics
Esta tesis doctoral está organizada en cinco capítulos acerca de tres aspectos distintos de la aplicación de técnicas computacionales en la genómica y la proteómica.
El capítulo I ofrece una breve introducción a lo que se conoce como biología computacional, su contribución a la investigación experimental y teórica y sus aplicaciones en los campos de la genómica y la proteómica. Este capítulo pretende centrarse en los temas de investigación a los que ha contribuído esta tesis: el análisis de la secuencia de las proteínas, la comparación de genomas completos y la gestión de datos.
El capítulo II es un resumen de los tres objetivos de la tesis, correlacionados con los tres capítulos siguientes.
El capítulo III presenta tres trabajos sobre el análisis de secuencias de proteínas al nivel de motivos proteicos. Ya que la genómica está produciendo miles de productos génicos sin caracterizar, las herramientas para la identificación de motivos funcionales conservados en secuencias de proteína son útiles para la predicción de la función proteica. La primera parte del capítulo contiene un ejemplo del uso de métodos computacionales para la caracterización de un gen de Bacillus licheniformis secuenciado por un colega del grupo de investigación. El análisis indicó que el gen descubierto codifica una hipotética proteína de unión al DNA. Posteriores análisis experimentales demostraron que la proteína se unía específicamente al DNA de Bacillus licheniformis. El capítulo también contiene una clasificación de motivos proteicos de unión al DNA relacionados con la regulación de la transcripción y un programa de web que fue desarrollado para la detección de motivos conservados en proteínas eucarióticas y procarióticas relacionadas con la regulación de la expresión génica. Finalmente, ese progrma fue utilizado para analizar genomas completos de un grupo de organismos eucariotas con el objetivo de c
