En este trabajo se han caracterizado genéticamente las cuatro razas equinas autóctonas de la Comunidad Autónoma Vasca (CAV) y Navarra (Pottoka, Jaca Navarra, Burguete y Euskal Herriko Mendiko Zaldia (EHMZ)).
Con este fin, se ha analizado el polimorfismo de 12 loci microsatélites (AHT4, AHT5, ASB2, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG6, HTG7, HTG10 Y VHL20), la región D-loop del DNA mitocondrial (mtDNA) y el SNP Pro258Leu del gen nuclear PRJAG3 (Protein Kinase Adenosine Monophosphate-Activate gamma3-subunit gene), posiblemente relacionado con las características fenotípicas, en un total de 417 individuos.
En cuanto a los indicadores de variabilidad de los microsatélites analizados, existen diferencias estadísticamente significativas entre la raza Burguete y el resto. El hecho de que las cuatro razas presenten niveles de variabilidad ligeramente mayores que otras razas equinas europeas o americanas puede ser consecuencia del manejo tradicional que tienen estas. Respecto a la distribución de la variación genética observada dentro y entre las razas, el análisis de los estadísticos F indica que el 2.3% de la variabilidad puede ser atribuida a la diferencias entre las razas.
La diferenciación existente entre las razas sería la responsable del exceso de homocigotos observado en la población caballar autóctona. A pesar de las referencias históricas sobre reducción en el tamaño poblacional, no se ha detectado cuello de botella en las razas ligeras o semiligeras Pottoka y Jaca Navarra. Teniendo en cuenta el alto valor de la probabilidad de exclusión en las cuatro razas analizadas, el panel de 12 microsatélites utilizado resulta muy adecuado para el control de parentesco.
En los análisis filogenéticos y el análisis de correspondencias de las razas autóctonas, se agrupan por un lado las dos razas pesadas (EHMZ y Burguete), colocándose la raza Jaca Navarra en una posición intermedia entre estas y la raza Pottoka.
Esto podría ser reflejo de l
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